Idea Panteonu narodziła się w 2009 roku, po wycofaniu się ojców paulinów z rozbudowy krypty zasłużonych na Skałce. Pomysłodawcą idei był profesor Franciszek Ziejka, którego inicjatywę podchwyciły środowiska akademickie oraz władze administracyjne i samorządowe Krakowa i województwa małopolskiego. Panteon będzie się składał z przebudowanych krypt barokowego kościoła połączonych z nowym budynkiem na kościelnym dziedzińcu. Obecnie wejście do panteonu prowadzi przez kościół, po zakończeniu budowy wejście i wyjście będą niezależne. Pierwszą część obiektu otwarto w 2012 roku, w 400-setną rocznicę śmierci księdza Piotra Skargi.

Nad powstaniem i działalnością Panteonu czuwa Fundacja Panteon Narodowy, powołana przez jedenaście publicznych, krakowskich uczelni oraz Polską Akademię Umiejętności i Archidiecezję Krakowską. O pochówkach decyduje Kapituła Panteonu.

Przed utworzeniem Panteonu pochowano tu: jezuitę Piotra Skargę (1612 rok), biskupa Andrzeja Trzebickiego (1679 rok) i hrabiego Witolda Szeligę Bielińskiego (1833 rok). Po utworzeniu Panteonu spoczęli tu: dramatopisarz i prozaik Sławomir Mrożek (2013 rok), poeta Adam Zagajewski (2021 rok), biskup Tadeusz Pieronek (2019 rok), kompozytor Krzysztof Penderecki (2022 rok), profesorowie Uniwersytetu Jagiellońskiego Karol Olszewski (1915 rok) i Zygmunt Wróblewski (1888 rok) oraz matematycy-kryptolodzy, którzy złamali szyfr Enigmy – Marian Rejewski (1980 rok), Jerzy Różycki (1942 rok) i Henryk Zygalski (1978 rok).

Sam kościół świętych Apostołów Piotra i Pawła jest pierwszą barokową świątynią w mieście, wzniesioną na miejscu gotyckiego kościoła spalonego w 1455 roku. Nowy kościół dla zakonu jezuitów przybyłych w 1583 roku, wznosił od 1596 Józef Britius według projektu Giovanni de Rossis, a ukończył go w latach 1605–1619 Giovanni Trevano z Lombardii. Jego projektu jest fasada, kopuła i wystrój wnętrza, wzorowane na barokowych, rzymskich jezuickich kościołach. Po kasacie zakonu w 1773 roku kościół przejęła Komisja Edukacji Narodowej i przekazała Uniwersytetowi Krakowskiemu, a w 1786 roku cystersom z Mogiły. W latach 1809–1815 była to cerkiew prawosławna, od 1830 roku kościół katolicki.