Die Holzkirche wurde nach 1273 erbaut. 1460 errichtete Pater Paweł von Zator den Chorraum und begann mit dem Bau der Sakristei. Die weiteren Arbeiten an der im Stil der Weichselgotik gebauten Kirche wurden in den Jahren 1470 und 1476 von dem Krakauer Kanoniker Jan Długosz fortgesetzt. Das Kirchenschiff und die Vorhalle wurden erbaut, der Chorraum mit einem Gewölbe eingedeckt und ein Glockenturm gebaut. Auffallend sind die schwarzen Muster an den Wänden, die aus sehr stark gebrannten Ziegeln angefertigt wurden, sowie Details aus Naturstein. 
Es ist eine einschiffige Kirche mit einem viereckigen Kirchenschiff, das mit einer Kassettendecke aus Holz bedeckt ist, mit einem schmaleren Chorraum, der in einer geraden Wand mit dem Kreuzrippengewölbe abgeschlossen ist, und mit einer angrenzenden Sakristei. Auf dem Satteldach befindet sich ein Dachreiter. Die Kirche wird von Strebepfeilern gestützt. In der Vorhalle mit modernen Wandmalereien befindet sich eine steinerne Stiftungstafel von 1476 mit einer Inschrift und einem Relief der Heiligen Margareta. 
Im Innenraum gibt es zahlreiche Details aus Stein, spitzbogige Sprung-Stufenportale und Wappenkartuschen. Auffallend ist sicherlich der barocke Hauptaltar – ein Werk von Antoni Frąckiewicz, mit einem gotischen Kruzifix von 1440, das Gemälde der Lieben Frau vom Schnee von 1626, der Renaissance-Grabstein von Pater Walenty Brzostowski von 1586 und Renaissance-Epitaphien aus dem 16. Jahrhundert. Im Kirchenschiff wurden 1963 Wandmalereien aus der Epoche der Renaissance aus dem 17. Jahrhundert freigelegt. 
Der Glockenturm der Kirche hat einen gemauerten Sockel von 1476 und einen oberen Teil aus Holz mit einer Turmkammer und einem Helm aus dem 19. Jahrhundert. Auf dem Tor der Kirchenmauer stehen die Statuen der Heiligen Margaretha und des Bischofs Stanislaus. 
Das Gotteshaus wird seit Jahrhunderten vom Krakauer Kapitel betreut. Aus diesem Grund schickte der Kardinal Adam Sapieha im Sommer 1944 den jungen Karol Wojtyła – einen Seminaristen des geheimen Priesterseminars, hierher in die Ferien. In den darauffolgenden Jahren verbrachte der künftige Papst zweimal seine Ferien hier, wanderte zwischen den Feldern, auf denen bald das Stahlwerk und der Stadtteil Nowa Huta gebaut werden sollten, bis zum Zisterzienserkloster Mogiła. Hier studierte er theologische Werke und lernte die Probleme der kleinen Kirchengemeinde kennen.
Die Ablassfeier für die Heilige Margareta, Jungfrau und Märtyrerin, fällt auf den ersten Sonntag nach dem 13. Juli.