Die originelle, moderne Gestalt des Museumgebäudes wurde ihm durch den japanischen Architekten Arata Izosaki verliehen, wobei der bekannte polnische Filmregisseur Andrzej Wajda den Anstoß zur Museumsgründung gab. Trotz seiner modernen Gestalt knüpft der Charakter des Gebäudes an die traditionelle japanische Architektur an.Die Grundlage für die Museumsammlung stiftete dem Krakauer Nationalmuseum im Jahre 1920 der Schriftsteller und Kunstsammler Feliks Jasieński (1861–1929). Jasiński war von der japanischen Kultur fasziniert und trug den Beinamen Manggha. Die riesige Sammlung der japanischen Kunst zählt 6,5 Tsd. Ausstellungsstücke. Einen bedeutenden Teil bilden Holzschnittgraphiken der größten japanischen Künstler aus dem 17.–19. Jh., u.a. Suzuki Harunobu, der als „Vater des japanischen Farbholzschnitts” bekannt ist, und der berühmten Kitagawa Utamaro und Ichiryūsai Hiroshige. Interessant sind die japanischen Militaria: Zierschwerte und Schilder, Samurai-Rüstungen zusammen mit Helmen und Masken. Von einzigartiger Kunstfertigkeit sind Lackgegenstände, wie Etuis, Schmuckkästchen, Schälchen, und auch Miniaturmöbeln.Manggha ist nicht nur ein gewöhnliches Museum, es ist auch ein aktives Kulturzentrum. Es finden hier Ereignisse und Veranstaltungen statt, die das Wissen über Japan, seine Kultur, Kunst und Sitten verbreiten.