W czasie wojny, służąc jako magazyn, uległa zdewastowaniu. W okresie powojennym pełniła funkcję liturgiczną dla niewielkiej grupki oświęcimskich Żydów. Następnie znów zamieniono ją na magazyn. Ostatecznie powróciła do pierwotnej funkcji w roku 2000. Wnętrze czynnej synagogi zawiera ciekawe drewniane wyposażenie w postaci bimy oraz aron ha-kodesz, a także dwie zabytkowe tablice z hebrajskimi inskrypcjami. Synagoga Chewra Lomdei Misznajot (hebr. Stowarzyszenie Studiujących Misznę), jest jedynym żydowskim domem modlitwy w Oświęcimiu, który nie został całkowicie zniszczony podczas II wojny światowej. Jego budowę rozpoczęto ok. 1913 roku, a swoje funkcje spełniał on do roku 1939. Podczas wojny jego wnętrze zostało zniszczone, a budynek służył m.in. jako niemiecki magazyn amunicji. Po drugiej wojnie światowej grupa oświęcimskich Żydów, ocalałych z Zagłady, przywróciła jej pierwotną funkcję, jednak po kilku latach opuścili oni Oświęcim i Polskę, a budynek był nieużywany. W latach siedemdziesiątych władze komunistyczne znacjonalizowały budynek, a w późniejszym okresie znajdowała się w nim hurtownia dywanów. W 1998 roku budynek synagogi został zwrócony gminie wyznaniowej żydowskiej w Bielsku-Białej jako pierwszy obiekt żydowskiego kultu religijnego w Polsce oddany w ręce prawowitych spadkobierców po upadku komunizmu. Gmina żydowska w Bielsku w tym samym roku przekazała ją na rzecz Centrum Żydowskiego w Oświęcimiu. Budynek został poddany gruntownej konserwacji w oparciu o źródła historyczne i wspomnienia ocalonych z Zagłady, a jego ponowne oficjalne otwarcie nastąpiło we wrześniu 2000 roku. Dziś Synagoga Chewra Lomdej Misznajot nie posiada swojego rabina ani zgromadzenia wiernych, lecz pozostaje jedyną żydowską świątynią w pobliżu byłego obozu KL Auschwitz, służąc jako miejsce modlitwy, refleksji i pamięci.