Remu to akronim pierwszych liter hebrajskiego zapisu „Rabbi Mojżesz Isserles”. Od imienia wybitnego uczonego, rabina i rektora szkoły talmudycznej synagoga i pobliski cmentarz wzięły nazwę. Synagoga jest miejscem modlitwy, używanym przez krakowskich Żydów po dzień dzisiejszy.

Wzniesiony w roku 1556 zapewne drewniany budynek wkrótce strawił pożar, ale odbudowano go dwa lata później już w postaci murowanej. Renesansowy charakter synagogi przekształciły niekorzystnie późniejsze przebudowy i dziś trudno doszukać się tu wyrazistych cech stylowych.

Zwracają uwagę potężne, kamienne szkarpy podpierające stosunkowo niewielki budynek. Mimo zmian budynek zachował elementy oryginalnego XVI-wiecznego wyposażenia - rzeźbiony w kamieniu aron-ha-kodesz, ujęty w zdwojone pilastry i zwieńczony tablicami Dekalogu. Po prawej stronie szafy ołtarzowej tablica upamiętnia miejsce, gdzie zwykł się modlić rabin Remuh i które do dziś pozostaje wolne w czasie nabożeństw. Zachowała się też kamienna skarbona na jałmużnę. Napis na niej głosi: złoto, srebro, miedź, co miało być zachętą do składania datków. 

W trakcie II wojny światowej bożnica została, podobnie jak inne, zdewastowana, przechowywano w niej worki na zwłoki. Udało się ją zrekonstruować i odnowić.

W 1968 roku odwiedził ją ówczesny metropolita krakowski kardynał Karol Wojtyła, a w roku 1992 modlił się tu prezydent Izraela Chaim Herzog.

Do synagogi przylega najstarszy w Krakowie i jeden ze starszych w Europie żydowski cmentarz z zespołem cennych nagrobków z XVI-XVIII w.

Kiedy w roku 1956 przystąpiono do uporządkowania i inwentaryzacji cmentarza, zastanowienie wzbudził fakt, że znaczne połacie cmentarza były puste - bez śladów po usuniętych grobach. Podczas prac wykopaliskowych dokonano sensacyjnego odkrycia. Odnaleziono ok. 700 nagrobków z okresu od drugiej połowy XVI do pierwszej połowy XIX wieku, przysypanych grubą warstwą ziemi. Wykonane z piaskowca i wapienia pińczowskiego, rzadziej z marmuru dębnickiego, na ogół niekompletne i uszkodzone, pokryte były płaskorzeźbionymi ornamentami typowymi dla żydowskiej sztuki zdobniczej. Dziś ustawionych jest tu 711 nagrobków, część w typie tumbowym, inne - w formie wolno stojących płyt, czyli macew. Fragmenty płyt, których nie udało się uratować, wkomponowano w mur od strony ulicy Szerokiej, tworząc tzw. ścianę płaczu. Groby rabina Remuh i kabalisty Natana Spira są celem pielgrzymek pobożnych Żydów z całego świata.