Wolna od zabudowy jest dolna część doliny, gdzie ulega ona wyraźnemu przewężeniu; staje się zalesiona, głęboka, kręta, a w zboczach odsłaniają się różnowiekowe wapienne skały, co wynika z m.in. pocięcia tego obszaru uskokami o przebiegu równoleżnikowym. Fragment doliny pomiędzy Jerzmanowicami a Szklarami chroni rezerwat, a spacerując poprowadzonym tutaj czerwonym szlakiem możemy zobaczyć wszystko, co dolina skrywa najpiękniejszego. Ostańce wierzchołkowe to najbardziej charakterystyczne i najciekawsze z elementów krajobrazowych doliny. Witkowe Skały, Łyse Skały, Chochołowe Skały, Brodło, Kozłowe Skały, Cisówki to najsłynniejsze z formacji skalnych, które możemy obserwować spacerując szlakiem. Niektóre z nich są wykorzystywane nawet do wspinaczki przez miłośników tego sportu. Na dnie doliny płynie potok Szklarka, a w jego korycie tworzą się wapienne skałki karbońskie i martwice wapienne. Z kolei dla speleologów Dolina Szklarki to także świat jaskiń zachęcający do eksploracji podziemnego świata.

W dolinie warto odwiedzić główne źródło zasilające potok – Pióro, znajdujące się przy samej drodze w Jerzmanowicach. Przy prawym zboczu doliny wśród pól uprawnych znajdują się Słoneczne Skały uznane za pomnik przyrody.

U wylotu doliny w miejscowości Dubie znajdują się stawy hodowlane, przy których swojej pasji mogą oddać się miłośnicy wędkarstwa, można tu złowić nawet pstrąga!