Żydzi w Nowym Wiśniczu zaczęli się osiedlać za pozwoleniem księcia Stanisław Lubomirskiego, po 1605 roku, kiedy to zostali wygnani z sąsiedniej Bochni. Przez przeszło trzysta lat kirkut w Nowym Wiśniczu był miejscem spoczynku nie tylko dla miejscowych Żydów, lecz także z innych, nawet odległych miejscowości: Lipnicy, Łapanowa, Zbydniowa, Gdowa. W 1939 roku na wiśnickim kirkucie został pochowany miejscowy cadyk Naftali Rubin.

Siedemnastowieczne pochodzenie cmentarza potwierdzają daty z najstarszych zachowanych macew, czyli kamiennych nagrobków.

Podczas II wojny światowej na cmentarzu naziści dokonywali egzekucji osób pochodzenia żydowskiego. Do dziś zachowało się ich około 250, niektóre z piękną i bogatą ornamentyką. Marmurowe i granitowe macewy podczas okupacji przywłaszczyli sobie Niemcy, inne okoliczna ludność wykorzystywała jako surowiec budowlany lub, nie zmieniając funkcji, a tylko formę, przenosiła na cmentarz katolicki. O rozmiarach zniszczenia na kirkucie w Nowym Wiśniczu świadczą rozległe, puste place, na których stały kiedyś gęsto stłoczone macewy. 

Po wojnie część kirkutu zajęło przedsiębiorstwo budowy dróg, stawiając na jego terenie smolarnię, w której wykonywano asfalt. W 1989 roku obiekt został wpisany do wojewódzkiego rejestru zabytków. Obecnie kirkut w Nowym Wiśniczu jest własnością Gminy Wyznaniowej Żydowskiej w Krakowie. 

Cmentarz znajduje się w odległości około 500 metrów od rynku, na zboczu wzgórza, po prawej stronie, przy drodze do Limanowej.