Cmentarz żydowski w Żabnie powstał na mocy przywileju wydanego w 1692 roku przez miejscowego dziedzica Łukasza Franciszka Juranda. Nekropolię założono w północno-wschodniej części miejscowości, przy obecnej ulicy Kościuszki. Lokalizacja cmentarza wpisała się trwale w topografię miasta, dając nazwę dzielnicy Zakirchale, wywodzącą się od słów: „Za kirchołem”.

Przed wybuchem drugiej wojny światowej cmentarz zajmował działkę w kształcie zbliżonym do litery L, o powierzchni około hektara. Przy bramie znajdowały się dwa budynki: w jednym z nich mieszkał dozorca, drugi – zwany przez ludność chrześcijańską „koszerną” – pełnił funkcję bet tahary, czyli domu przedpogrzebowego. W latach okupacji niemieckiej cmentarz uległ częściowej dewastacji. Władze okupacyjne wydały rozkaz zburzenia budynków znajdujących się na cmentarzu, a betonowy mur stanowił cel podczas ćwiczeń niemieckich artylerzystów. Teren nekropolii stał się też miejscem egzekucji osób pochodzenia żydowskiego. Między innymi w 1942 roku, podczas likwidacji getta w Żabnie, Niemcy rozstrzelali na cmentarzu grupę miejscowej ludności żydowskiej. W czerwcu 1943 roku na cmentarzu Niemcy zgładzili Romów z Żabna.

Po 1945 roku na cmentarzu pojawiło się kilka pomników ufundowanych przez rodziny osób zamordowanych w latach Zagłady. W latach 1991–1992, dzięki inicjatywie Abrahama Ladnera, na cmentarzu przeprowadzono prace restauracyjne. Naprawiono ogrodzenie, odbudowany został także ohel (grobowiec). W sierpniu 2004 roku na cmentarzu wzniesiono pomnik poświęcony Żydom zamordowanym w czasach zagłady.

Do dziś zachowała się znaczna liczba macew, choć stanowi ona jedynie niewielki procent przedwojennego stanu. Ich największa koncentracja występuje we wschodniej części nekropolii. Są to nagrobki wykonane z piaskowca, o wysokości dochodzącej do 150 centymetrów, z inskrypcjami sporządzonymi głównie w języku hebrajskim oraz wyrytą w naczółkach bogatą symboliką. W 2010 roku fala powodziowa odsłoniła kolejne macewy, użyte do utwardzenia rowu melioracyjnego w pobliskich Gorzycach. Były to nagrobki z cmentarza w Żabnie, wykorzystane w latach 70. XX wieku do budowy przepustu. W kwietniu 2011 roku płyty zostały przewiezione na cmentarz żydowski. 

Cmentarz ogrodzony jest murem i płotem.