Nic nie wiadomo o stojących w tym miejscu wcześniejszych świątyniach. Natomiast kościół z XVII wieku był drewniany, jednonawowy z wieżyczką z sygnaturką nad wejściem i wolnostojącą dzwonnicą. W drugiej połowie XVIII wieku zniszczony budynek remontowano, wymieniono deski we wnętrzu i pokrycie dachu. W latach 1833–1870 kościół zyskał kamienną posadzkę, złocone ołtarze boczne, barokową chrzcielnicę w formie kielicha. Polichromie w prezbiterium pochodzą z 1878 roku, a te w środkowej części kościoła wykonano w 1885 roku. Wieżę dobudowano po zniszczeniu w czasie I wojny światowej stojącej obok dzwonnicy. Ze starego kościoła przeniesiono dzwony, sygnaturkę świętej Agnieszki z 1631 roku oraz trzy późnobarokowe i rokokowe ołtarze z XVIII wieku. Po zakończeniu II wojny światowej wokół kościoła zbudowano ogrodzenie z cegiełkami z nazwiskami fundatorów. W latach 40. XX wieku dobudowano boczną kruchtę, ufundowano trzy dzwony, a w 1956 roku drewniane tabernakulum zastąpiono nowym.

07.08.1988 r. metropolita krakowski kard. Franciszek Macharski kazał wmurować kamień węgielny, który został poświęcony przez Ojca Świętego Jana Pawła II, w ramach przygotowań do obchodów jubileuszu 700-lecia parafii (2000). Przeprowadzono wtedy wiele prac konserwacyjnych, odnowiono obrazy, w tym obraz Matki Bożej Podstolickiej i odrestaurowano organy. Zewnętrzne ściany kościoła pokryto deskami, wewnątrz położono nową posadzkę, odnowiono polichromie.