Według legendy w miejscu dzisiejszego kościoła stała pogańska świątynia bogini Ledy. W połowie XVI wieku miasto spustoszyła epidemia cholery. Zmarłych grzebano na cmentarzu na Wzgórzu Lednickim. Aby powstrzymać zarazę, okoliczni mieszkańcy postanowili w pobliżu cholerycznego cmentarza zbudować kościół jako wotum wdzięczności. Budowę rozpoczęto w 1581 roku. Rok później Lednicę przejął żupnik krakowski Sebastian Lubomirski i dokończył budowę kościoła. Pod koniec XVIII wieku kościółek od rządu austriackiego wykupiło miasto Wieliczka, ustanowiono parafię i przeniesiono wyposażenie z rozebranego kościoła świętego Klemensa. W 1906 roku polichromie wnętrz wykonał malarz Włodzimierz Tetmajer z pomocą Józefa Mikulskiego, odnowił też obraz z ołtarza głównego i dwa obrazy z XVI wieku, Matki Bożej i świętych Mikołaja, Andrzeja i Katarzyny. Stanisław Matejko, bratanek Jana Matejki, zaprojektował witraże. Pod koniec XX wieku wyremontowano dach, odnowiono ołtarz główny, organy i obrazy z XVI wieku, zamontowano dwa nowe dzwony.

Modrzewiowy, niewielki kościółek składa się z kwadratowej nawy z niską wieżą z baniastym hełmem i węższym od nawy, pięciobocznie zamkniętym prezbiterium z zakrystią. Nad nawą wznosi się barokowa wieżyczka z sygnaturką z latarnią z 1744 roku. Wnętrza kryją sklepienia pozorne. Polichromia z lat 1903–1910 to dzieło Włodzimierza Tetmajera. Wystrój jest barokowy. W rokokowym ołtarzu głównym z drugiej połowy XVIII wieku, z warsztatu Piotra Korneckiego, znajduje się obraz świętego Sebastiana. Ołtarze boczne z XVII wieku to wczesnobarokowy z obrazem Najświętszej Maryi Panny pędzla Floriana Cynka i barokowy z krucyfiksem z XVII wieku. W 1744 roku zamontowano organy wykonane przez cystersa Eliasza Wykuszewskiego. W 2000 roku przy kościele stanął Pomnik Tysiąclecia.

Wielicka świątynia znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej. Uznana została także za zabytek klasy zerowej.

Warto zobaczyć w okolicy! Niedaleko Wieliczki, w Jawczycach, znajduje się 18 kurhanów, które powstały prawdopodobnie w IX lub X wieku.