Nową świątynię w 1524 roku ufundował biskup Jan Konarski. Po pożarze w latach 60-tych XVIII wieku została odbudowana w roku 1763 z fundacji biskupa Kajetana Sołtyka. W latach 1891 – 1898 nastąpiła kolejna, znaczna rozbudowa kościoła Wszystkich Świętych w Babicach – przedłużono korpus i dobudowano parę kaplic, tworząc rodzaj transeptu. Wystrój wnętrza oraz wyposażenie są utrzymane w stylu barokowym i rokokowym. W jednym z bocznych ołtarzy znajdują się obrazy Matki Boskiej Niepokalanego Poczęcia i Anioła Stróża namalowane przez Wojciecha Eljasza. Również jego pędzla są stacje Męki Pańskiej. Na plebanii znajdują się fragmenty wczesnobarokowego ołtarza, wykonanego w 1662 roku przez Mikołaja Przybysławowicza z Krakowa. Na uwagę zasługuje także chrzcielnica barokowa, z drugiej połowy XVIII wieku. Na wyposażeniu kościoła jest także feretron z około 1700 roku, wczesnobarokowy obraz św. Klemensa, dwa barokowe krucyfiksy, gotycka monstrancja, barokowy kielich z napisem „Lipowiec” – [uwaga dajemy pauzy –] z kaplicy na zamku Lipowiec, wczesnobarokowy relikwiarz w kształcie krzyża oraz XIX-wieczna kadzielnica. W kościele znajduje się nagrobek z marmuru i stiuku Franciszka Łąckiego zmarłego w 1844 roku. Przy kościele Wszystkich Świętych w Babicach znajduje się dzwonnica barokowa, murowana, dwukondygnacyjna.