W 1222 roku do podkrakowskiej wsi Mogiła biskup krakowski Iwo Odrowąż sprowadził Cystersów z Lubiąża na Dolnym Śląsku. Wkrótce zbudowano tu kamienno-ceglane opactwo z wczesnogotyckim kościołem Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i świętego Wacława męczennika. W XIII wieku klasztor spustoszyły napady Tatarów, a w XVII wieku najazd Szwedów.

Kościół zbudowano na planie krzyża łacińskiego w cysterskim stylu romańsko-gotyckim, z głównym ołtarzem skierowanym na wschód. Konsekrowano go w 1266 roku. W latach 1536–1538 ściany prezbiterium i zakrystii pokrył freskami brat Stanisław Samostrzelnik. Polichromie w kaplicy Krzyża Świętego pochodzą z XVIII wieku. W ołtarzu głównym widać poliptyk z 1514 roku ze statuą Matki Bożej z Dzieciątkiem. Boczne ołtarze wykonano w XV wieku, stalle w XVIII wieku, a współczesne witraże w 1947 roku. Sklepienie nawy głównej po pożarze w 1708 roku odbudowano w stylu barokowym. W 1780 roku przebudowano fasadę i kruchtę kościelną. W krypcie, przy wejściu do kaplicy Cudownego Pana Jezusa, pochowani są dobrodzieje klasztoru, zakonnicy i opaci. W kaplicy znajduje się gotycki, słynący z łask krucyfiks Pana Jezusa Mogilskiego, czczony od XIV wieku. O długiej tradycji jego kultu świadczy widoczna na ścianach ogromna ilość darów wotywnych oraz bruzdy wyżłobione w posadzce przez podchodzących na kolanach pielgrzymów. Wierni przybywają do Sanktuarium w Opactwie Cystersów także ze względu na relikwie Krzyża Świętego.

W opactwie koniecznie trzeba zwiedzić: bazylikę, kaplicę Pana Jezusa Mogilskiego, krużganki klasztorne, kapitularz, dawnego kalefaktorium, fraternię, kaplicę opacką oraz klasztorne ogrody i dawny kościół świętego Bartłomieja Apostoła.

Główne uroczystości w sanktuarium przypadają na dzień 14 września w święto Podwyższenia Krzyża Świętego.