Siedzibą oddziału jest wybudowany w 1884 roku według projektu Antoniego Siedeka, neoklasyczny Pałac Czapskich. Tutaj dzieje i historia zapisane są w numizmatach, starych mapach i drukach. Hrabia Emeryk Hutten-Czapski był osobowością wszechstronną. Pasjonował się numizmatyką, był bibliofilem, zbieraczem grafiki, dzieł sztuki oraz pamiątek polskich. Muzeum jego imienia to najstarszy i największy oddział Muzeum Narodowego w Krakowie. Można tu podziwiać jego kolekcję unikatowych, czy wręcz legendarnych monet, a także medale, rzadkie starodruki i mapy. Na wystawie stałej można zobaczyć ponad 2500 cennych obiektów. Pałac jest otoczony pięknym ogrodem ze stuletnimi drzewami, w którym znajdują się fragmenty krakowskich, gotyckich budowli, na przykład czternastowieczna kamienna wieżyczka z kościoła Mariackiego.

W XXI wieku powstał tu nowoczesny Pawilon Józefa Czapskiego poświęcony wnukowi kolekcjonera, związanemu z paryską „Kulturą”; wybitnemu intelektualiście, pisarzowi, malarzowi i krytykowi sztuki. W muzeum prowadzone są warsztaty i zajęcia edukacyjne dla dzieci i dorosłych.