W czasie II wojny światowej milion trzysta tysięcy więźniów poniosło śmierć w obozie Auschwitz-Birkenau. Maksymilian Maria Kolbe przywieziony do obozu 28 maja 1941 roku, pod koniec lipca oddał swoje życie za nieznanego sobie człowieka Franciszka Gajowniczka. Dlatego Centrum świętego Maksymiliana jest miejscem modlitwy i refleksji, duchowego odpoczynku i rekolekcji oraz upamiętnienia męczeńskiej śmierci świętego Maksymiliana. Służy też budowaniu pokoju, miłości i pojednania między narodami i religiami.

Po utworzeniu obozu w Oświęcimiu okupanci wysiedlali okoliczne wsie, w tym Harmęże. Tak powstał podobóz gospodarczy KL Auschwitz-Harmense, w którym więźniowie pracowali na farmie drobiu i królików oraz przy stawach rybnych. Dlatego też tu powstało Centrum świętego Maksymiliana składające się z kościoła Matki Bożej Niepokalanej, klasztoru franciszkanów z domem rekolekcyjnym i klasztoru rekolekcyjno-edukacyjnego sióstr misjonarek.

Decyzję o założeniu klasztoru podjęto w 1986 roku, w 1988 roku pierwsi zakonnicy zamieszkali w murowanym domu, a drewniany zaadaptowano na kaplicę. W 1990 roku ksiądz kardynał Franciszek Macharski erygował klasztor i parafię oraz powierzył je zakonowi franciszkanów. Kościół ukończono w 1993 roku, w 1994 roku rozpoczęto budowę klasztoru. W kościele w ołtarzu głównym znajduje się obraz Matki Bożej Niepokalanej z franciszkańskiego kościoła we Lwowa, przed którym modlił się młody Rajmund Kolbe, późniejszy Maksymilian. Po II wojnie światowej zakonnicy ukryli obraz i w 1946 roku przewieźli do krakowskiego klasztoru, a później przekazali do Centrum świętego Maksymiliana Marii Kolbego. W 1995 roku w podziemiach kościoła urządzono wystawę 374 prac więźnia obozu Mariana Kołodzieja – Klisze pamięci. Labirynty. Ekspozycja jest artystyczną wizją obozowej gehenny, pokazuje straszliwe obozowe wspomnienia, a prochy twórcy pokazanych obrazów umieszczono w kościelnej krypcie. W 1999 roku do klasztornego ogrodu świętego Maksymiliana przeniesiono 303 krzyże stawiane na dawnym Żwirowisku przy obozie w Oświęcimiu. W 2004 roku w kościele umieszczono Tablice Pamięci upamiętniające kapłanów i zakonników zgładzonych w Auschwitz-Birkenau. W kaplicy Matki Bożej zza drutów, ukończonej w 2008 roku, umieszczono kopię drewnianej figurki Matki Bożej Niepokalanej zwaną Matką Bożą zza drutów lub Matką Bożą Oświęcimską, którą w 1940 roku wykonał w obozie Bolesław Kupiec z Poronina. Figurka jest wyrazem ucieczki więźnia od strasznej rzeczywistości w lepszy świat.

W 2005 roku w Centrum świętego Maksymiliana Marii Kolbego obchodzono 60. rocznicę wyzwolenia obozu.