Muzeum Stanisława Wyspiańskiego pełni funkcje zarówno wystawiennicze (ekspozycja średniowiecznej i nowożytnej sztuki zachodnioeuropejskiej), jak i edukacyjnej (warsztaty, lekcje szkolne). Jest również centrum kulturalnym otwartym dla mieszkańców Krakowa i odwiedzających miasto gości. Organizowane są wykłady, spotkania i dyskusje na tematy związane ze sztuką i kulturą europejską. Atrakcyjną oprawę dla wszystkich imprez stanowi pierwsza samodzielna ekspozycja malarstwa i rzeźby zachodnioeuropejskiej od XII do XX wieku ze zbiorów MNK. Eksponowane są tutaj przykłady rzeźby romańskiej, gotyckiej, renesansowej, barokowej, klasycystycznej oraz nowoczesnej, a także liczne obrazy gotyckie i renesansowe szkół włoskich, niemieckich i niderlandzkich (Paolo Veneziano, Lorenzo Lotto, Pieter Brueghel mł.), włoskie, flamandzkie i holenderskie obrazy epoki baroku, klasycyzmu i romantyzmu oraz dzieła sztuki nowoczesnej.