Mieszcząca się w podziemiach i na parterze budynku dawnej biblioteki ekspozycja zabytków przybliża historię tynieckiego opactwa. W pomieszczeniach podziemia, w ramach wystawy stałej, można zobaczyć romańskie detale architektoniczne, a także kopię kielicha i pateny pochodzących z jednego z pierwszych pochówków opackich, odkryte podczas wykopalisk na terenie kościoła w latach 60. XX wieku. Zachowane kapitele kolumn z przełomu XI i XII wieku, zdobione ornamentem roślinno-geometrycznym, należą do najpiękniejszych przykładów polskiej sztuki romańskiej. Najstarszą grupę zabytków stanowią narzędzia krzemienne i fragmenty naczyń glinianych, związane z funkcjonowaniem w tym miejscu niewielkiej osady ludności neolitycznej – jednej z pierwszych grup rolników na terenie Polski oraz inne pozostałości osadnictwa z kilku epok o wyjątkowym znaczeniu dla rekonstrukcji pradziejów i okresu wczesnohistorycznego Polski.

Muzeum to wycieczka w przeszłość i podróż pełna niespodzianek. Mnisi benedyktyńscy od średniowiecza słynęli z wytrwałej, cierpliwej pracy, między innymi nad przepisywaniem i iluminowaniem ksiąg (w tynieckiej bibliotece znajduje się wiele cennych kodeksów). Dziś wciąż angażują się w działalność naukową i wydawniczą, ale są również znani ze swoich naturalnych i zdrowych wyrobów (miodów, ziołowych nalewek, ciasteczek, makaronów), które można nabyć w przyklasztornym sklepie.