Około 1528 roku Wolę Justowską kupił przybyły z Alzacji Justus Ludwik Decjusz, intelektualista, dyplomata i historyk, człowiek wpływowy, znający wielu europejskich humanistów, który z sekretarza, księgowego i zaufanego królewskiego bankiera Jana Bonera, stał się dyplomatą, finansistą i królewskim dostojnikiem. Od 1520 roku był sekretarzem króla Zygmunta I Starego, doradcą i zwierzchnikiem mennic koronnych. W latach 1528–1535 Decjusz zbudował piętrową, reprezentacyjną, renesansową willę podmiejską z elementami gotyku, wzniesioną na wzór modnych posiadłości z okolic Florencji i Rzymu. Dwór wieżowy miał rzut zbliżony do kwadratu, nieregularnie rozmieszczone okna i loggię od frontu oraz trójosiowy układ wewnętrzny z sienią przelotową. Projekt stworzyli włoscy architekci współpracujący z Bereccim.

Rezydencję przebudowywali kolejni właściciele. W 1590 roku posiadłość kupili Lubomirscy. W latach 1620–1635 wojewoda Stanisław Lubomirski przebudował willę w stylu manierystyczno-wczesnobarokowym według projektu Macieja Trapoli. Budynek podwyższono o piętro i nakryto wysokim dachem kalenicowym. W narożach umieszczono dwie barokowe wieże alkierzowe z cebulastymi hełmami, a między nimi trójkondygnacyjną, pięcioprzęsłową loggię arkadową. Wnętrze pozostało trójosiowe z wielkimi sieniami na każdej kondygnacji. Pomieszczenia nakryto belkowymi, polichromowanymi stropami. Wzniesiono fortyfikacje bastionowe, bramę wjazdową z murem kurtynowym, kamienny most o dwóch arkadach i oficynę Dom Łaskiego.

W 1722 roku Karol Sanguszko przeprowadził remont willi i zbarokizował wnętrza. W następnych latach majątek popadł w ruinę.

W XIX wieku Joanna Ledóchowska przebudowała pałac na sielankową willę, a cebulaste hełmy na wieżyczkach loggi zastąpiono attyką. Renesansowo-barokowy ogród zamieniono na romantyczny park. Rozebrano też bastiony. Gdy willę kupili Kuczkowscy, zbudowano reprezentacyjne schody wejściowe, balkony wież i attykę. W czasach Czartoryskich, do których willa należała do 1917 roku, willa była centrum życia artystycznego i patriotycznego. Po pożarze w 1882 roku księżna Marcelina Czartoryska odbudowałam pałac w stylu neorenesansowym według projektu Tadeusza Stryjeńskiego. Wieże nakryto niskimi dachami czterospadowymi, dodano balkony i gzymsy, rozbudowano schody ogrodowe, we wnętrzu wprowadzono marmurowe kominki i neobarokowe, drewniane schody, stylowe meble, obrazy i zabytki antyczne.

W czasie pierwszej wojny światowej w willi urządzono koszary wojskowe, podczas drugiej wojny światowej siedzibę miała niemiecka policja. Po wojnie mieściły się tu: ośrodek szkoleniowy, internat i szpitalny oddział gruźliczy. W latach 70. XX wieku willa popadła w ruinę, zburzono oranżerię, arkadowy most i rozparcelowano ogrody.

Dziś w Willi Decjusza, odremontowanej w 1996 roku, ma siedzibę Stowarzyszenie Willa Decjusza zajmujące się ochroną dziedzictwa kulturowego. W 2019 roku powołano Instytut Kultury Willa Decjusza, tworzący przestrzeń sprzyjającą integracji i rozwojowi mieszkańców Krakowa, przez międzynarodową wymianę i działalność edukacyjno-artystyczną. W pałacu organizowane są koncerty, wystawy i wydarzenia plenerowe, konferencje i spotkania, lekcje i warsztaty oraz dni otwarte. Można obejrzeć wystawę obrazów z Muzeum Okręgowego w Nowym Sączu i mebli z Muzeum Narodowego w Krakowie. W holu głównym prezentowane są grafiki Krzysztofa Skórczewskiego, a na piętrze obrazy Beaty Zuby. Na konferencje, szkolenia, bankiety i przyjęcia okolicznościowe wynajmowane są: hol główny, sala kominkowa z tarasem i alkierz na parterze oraz sale na piętrze z loggią zdobioną orientalnymi kaflami oraz Sala Błękitna w Domu Łaskiego.

Willa na rzucie prostokąta, ma od frontu dwie narożne wieże alkierzowe na rzucie kwadratu, połączone trójkondygnacyjną, pięcioprzęsłową, arkadową loggią, a od tyłu parterowy przedsionek i trójkondygnacyjną klatkę schodową. Budynek kryje dach wysoki, czterospadowy, wieże niskie daszki czterospadowe, a przedsionek dach pulpitowy. Od frontu na parter prowadzą zewnętrzne dwubiegowe schody, widać też kondygnację piwnicy. Parter i narożniki pięter są boniowane. Na piętrze są balkony z kamiennymi balustradami, a ściany w podcieniach arkad zdobią dekoracyjne kafle. Układ wnętrz jest trójosiowy z wielkimi sieniami na każdej kondygnacji, z których prowadzą wejścia do pomieszczeń bocznych i głównej klatki schodowej.

Zespół pałacowo-parkowy obejmuje Willę Decjusza i dwie oficyny – Dom Łaskiego i Dom Erazma oraz otaczający je park. W Domu Łaskiego są komfortowe pokoje dla stypendystów programów realizowanych w Willi Decjusza. W Domu Erazma ma siedzibę Małopolski Instytut Kultury. Kompleks otacza stary Park Decjusza z galerią rzeźb profesora Bronisława Chromego i wieloma jego pracami w plenerze. Urządzono też plac zabaw Smoczy Skwer.