Drewniana, łemkowska cerkiew powstała w 1680 roku, a po jej pożarze w 1798 roku wybudowano nową. Jest to budowla murowana z kamienia ciosowego, otynkowana, jednonawowa, barokowa z elementami klasycyzmu. To wiejski kościółek o prostej bryle zewnętrznej bez dekoracji, o architekturze józefińskiej opartej na austriackich urzędowych wzorach, określających rzut, bryłę i zewnętrzną szatę budowli. Nawę i prezbiterium kryją dachy siodłowe, pierwotnie gontowe, dziś z blachy miedzianej. Wysoką wieżę zegarową wieńczy podwójny hełm baniasty z latarnią, a smukłą wieżyczkę-sygnaturkę hełm baniasty. Świątynia ma wydłużoną nawę i węższe, trójbocznie zamknięte prezbiterium, do którego przylega zakrystia. Wejście znajduje się pod wieżą. Ściany zewnętrzne nie mają podziałów architektonicznych, zdobią je jedynie półkoliście zamknięte otwory okienne obramowane kolumienkami oraz faliste gzymsy na wieży.

Wnętrze kryje sklepienie kolebkowe z lunetami, które razem ze ścianami pokrywa polichromia z 1926 roku, dzieło Andrija Demkowicza. Bogato dekorowany greckokatolicki, rokokowy ikonostas z XVIII wieku wypełniają cenne ikony. Ażurowe carskie wrota z parą kolumn osłania baldachim. Chór muzyczny wspiera potrójna arkada. Są też ołtarze boczne, ambona, pocerkiewne feretrony oraz w prezbiterium obraz świętego Jana Ewangelisty namalowany na desce.

Od 1946 roku jest to kościół rzymskokatolicki parafii w Szlachtowej. Do świątyni, otoczonej kamienno-drewnianym ogrodzeniem, przylega łemkowski cmentarz. W XXI wieku cerkiew remontowano, odnowiono ikonostas i zmieniono pokrycie dachu. Na poddaszu znajduje się chronione stanowisko nietoperza podkowca małego.