We wnętrzu kościoła znajduje się cenny gotycki obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem, a także tabernakulum autorstwa wybitnego renesansowego rzeźbiarza Jana Marii Padovano z czerwonego węgierskiego marmuru. Legenda głosi, że w miejscu zwanym Zagórze, zatrzymał się święty Wojciech, żegnany przez lud krakowski, w drodze do Prus. W tak zwanym Świętym Gaju, pod lipą, miał nawracać poprzez głoszenie Ewangelii. Na pamiątkę tego wydarzenia wspomnianą wieś Zagórze, od modłów świętego Wojciecha, nazwano Modlnica.

Pierwszy kościółek, drewniany, zbudowano prawdopodobnie w połowie XII wieku. Przetrwał do pierwszej połowy wieku XVI. W 1553 roku stanęła w jego miejscu nowa, drewniana świątynia na planie krzyża, z krótkimi ramionami. 

Dzisiejszy kościół posiada budowę zrębową, jest oszalowany pionowo z listowiem i gontowymi dachami. Przy nawie znajduje się wieloboczna sygnaturka (mały dzwon) z latarnią w stylu barokowym. Stropy pokryte są kasetonami. Kościół był kilkakrotnie przebudowywany. W 1622 roku jego północne ramię i zakrystia zostały zamienione na murowaną kaplicę grobową rodu. W barokowej kaplicy można oglądać nagrobek Stanisława Kucharskiego, przedstawiający mężczyznę w rycerskiej zbroi.

Ołtarze kościoła wykonane zostały w XVII wieku. W głównym ołtarzu zwraca uwagę dużej wartości gotycki obraz Matki Bożej (Modlnickiej) z Dzieciątkiem datowany na lata 1460–1470. Wyrazem czci dla patrona świątyni, świętego Wojciecha, jest także obraz namalowany przez Jana Zamojskiego, pochodzący z okresu późnego baroku. Do dzisiaj zachowało się tabernakulum z czerwonego węgierskiego marmuru w kształcie małej kapliczki, wykonane w latach 1533–1536 przez renesansowego rzeźbiarza Jana Maria Padovano. Można oglądać tu chrzcielnicę z czarnego „marmuru” dębnickiego oraz ambonę z XVII wieku. W XIX wieku rozbudowano przedsionek, przedłużając kościół od zachodniej strony. W 1955 roku w prezbiterium i nawie odkryto cenną renesansową polichromię w formie fryzu.

Kościół znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej.