Historia Zakonu Cystersów sięga XI wieku i terenów Francji oraz wiąże się z odnową życia monastycznego. Cystersi żyją według reguły świętego Benedykta oraz własnej konstytucji i zwyczajów. W 1222 roku zakonnicy założyli klasztor w podkrakowskiej Mogile, a ponad 700 lat później klasztor i parafię na osiedlu Szklane Domy.

Pod koniec lat 70. XX wieku kardynał Karol Wojtyła wystąpił do władz o zezwolenie na budowę kościoła, którą rozpoczęto w 1982 roku od postawienia tak zwanej starej kaplicy oraz budynku katechetycznego i cel dla zakonników. W 1983 roku kardynał Franciszek Macharski erygował parafię.

Świątynię, wzniesioną w latach 1982–1995 według projektu Krzysztofa Dyga i Andrzeja Nasfetera, wkomponowano w zieleń i zbudowano z cegły w stylu Nowej Huty z końca lat 60. XX wieku, tak jak nowohuckie bloki. Ma ona nowoczesną bryłę, na dole obłożona jest cegłą klinkierową, górę tworzy stalowa konstrukcja zwieńczona przeszklonym, łamanym dachem o wyglądzie kryształowej kuli. Kościół widziany od frontu jest podobny do drzewa, wejście to korzenie i pień, a dach to rozłożysta korona. Narożniki zdobią posągi ewangelistów. Masywna wieża-dzwonnica ma wysokość 18 metrów.

Wnętrze to jedna hala, surowa, jasna o białych ścianach, otoczona ceglanymi wnękami w kształcie łuków, kryta przeszklonym dachem. Wystrój jest skromny. Wnętrze tworzą drewniane ławy i konfesjonały, prosty ołtarz oraz organy firmy Stainmayer zamontowane w 2004 roku.

W tym samym budynku są też pomieszczenia klasztoru cystersów i Męskiego Liceum Ogólnokształcącego świętego Bernarda. Na placu przed kościołem stoją pomniki księdza Jerzego Popiełuszki, prasy podziemnej okresu stanu wojennego i 25-lecia Solidarności.