W średniowieczu na wzgórzu stał gród obronny, w XII wieku wzniesiono drewniany kościół i założono parafię wzmiankowaną w 1326 roku. Kościoły kolejno budowane z drewna na Górze świętego Jana niszczyły pożary. Pierwsza wzmianka o świątyni pochodzi z 1440 roku. Po pożarze w 1455 roku odbudował ją w 1470 roku cieśla Maciej Mączka, z fundacji właściciela wsi Mikołaja Cikowskiego. Kościół spłoną w czasie wojny w 1653 roku i rozpoczęto budowę nowego z fundacji starosty niepołomickiego księcia Aleksandra Lubomirskiego, konsekrował go w 1666 roku biskup Mikołaj Oborski. W 1832 roku świątynia spłonęła i na Górze świętego Jana wybudowano tylko kaplicę. Nowy, murowany kościół w 1858–1863 stanął w pobliżu, konsekrował go w 1891 roku biskup Ignacy Łobos. W 1896 roku przebudowano go w urzędowej formie józefińskiej, preferowanej przez władze austriackie. Kościół wielokrotnie przebudowywano i remontowano. To świątynia murowana z cegły, otynkowana, trzynawowa z wieżą i dachem dwuspadowym. Wystrój wnętrz jest neobarokowy. Polichromie figuralne z 1964 roku wykonał Walerian Kasprzyk. Znajdują się tu: późnogotycka figura Chrystusa Zmartwychwstałego z XVI wieku, chrzcielnica z 1850 roku i neobarokowy ołtarz główny. Cenne obrazy to Jan Chrzciciel i Jan Ewangelista pędzla Walerego Eliasza Radzikowskiego oraz święty Józef dzieło Stanisława Fischera. Przy wejściu do kościoła w 1998 roku wzniesiono grotę Najświętszej Maryi Panny z Lourdes, projektu Andrzeja Golemca i postawiono rzeźbę Chrystusa z Janem Chrzcicielem dłuta Józefa Pyrza. Na placu przykościelnym znajdują się groby księży pracujących w parafii w XIX wieku.