Parafia w Bobowej powstała wraz z lokowaniem miasta przed 1339 rokiem. Kościół wzniesiono około 1344 roku, choć pierwsza wzmianka o nim pochodzi z 1412 roku. W XVII wieku świątynię przebudowano i dobudowano kaplicę. W 1889 roku po pożarze, została odbudowana.

Kościół mimo przebudowy na barokowy, zachował pierwotny gotycki charakter. Świątynia jest jednonawowa z trójbocznie zamkniętym prezbiterium z zakrystia i kaplicą krytą kopułą z latarnią oraz kwadratową wieżą zwieńczoną ostrosłupowym dachem hełmowym. Na zewnątrz kościół opinają przypory. Dach jest dwuspadowy kryty blachą z wieżyczką na sygnaturkę. We wnętrzu w prezbiterium sklepienia są gotyckie, krzyżowo-żebrowe z XIV wieku. Do nawy od zachodu prowadzi gotycki portal ostrołukowy z XV wieku, pozostałe portale są barokowe z drugiej połowy XVII wieku. Wnętrze zdobią polichromie figuralno-ornamentalne wykonane w latach 1966–1967, dzieła Adama Konteczko i Henryka Wójcika. Dwa ołtarze boczne są neobarokowe z XX wieku. Na uwagę zasługuje barokowa kaplica Matki Boskiej Bolesnej, ocalała z pożaru w 1889 roku, z rokokowym ołtarzem z drugiej połowy XVIII wieku z cudownym obrazem Matki Boskiej Bolesnej. Poza tym we wnętrzu są też: neobarokowa ambona z XX wieku, barokowa, kamienna kropielnica, neogotyckie konfesjonały i ławy z końca XIX wieku. Na bocznej ścianie prezbiterium wisi najcenniejszy obraz „Ukrzyżowanie”, dzieło Jacka Malczewskiego z lat 1904–1908. To olej na płótnie, który hrabia Stanisław Zborowski ufundował i zamówił u malarza. Obraz znajdował się w ołtarzu głównym, ale nie podobał się księżom i wiernym. Zastąpiono go kopią obrazu „Ukrzyżowanie” Antoona van Dycka, pędzla Jana Warchałowskiego z 1916 roku. Później obraz przechowywano na strychu, następnie przeniesiono do kaplicy Matki Bożej Bolesnej. Malowidło nawiązuje do scen pasyjnych w typie hiszpańskiego baroku. Na obrazie malarz pokazał doskonałą znajomość anatomii i stadiów umierania. Malczewski wiele godzin malował dzieło w prosektorium, przyglądając się ciału 36-letniego samobójcy.