Die Geschichte des Museums reicht bis ins Jahr 1954 zurück, als der damalige Abt Dr. Stanisław Kiełtyka ein Klostermuseum einrichtete, um Sammlungen sakraler Kunst sowie auch Exponate, die von der einheimischen Bevölkerung stammen, zu erhalten. In den sechziger Jahren des 20. Jahrhunderts wurden die Sammlungen geordnet und in zwei Abteilungen unterteilt, nämlich Militaria und sakrale Kunst. 1978 erhielten die Zisterzienser einen Speicher aus dem 17. Jahrhundert zurück, der, wie sich während der Renovierung zeigte, die ehemalige Residenz des Abts gewesen war. Es wurde entschieden, dieses Gebäude als Museum zu nutzen.

Heute kann man hier eine imponierende Waffensammlung bewundern, zu der unter anderem ein japanisches Harakirimesser, Streitflegel, ein Spieß der Kosaken, ein zweischneidiges Schwert sowie eine Armbrust aus dem 18. Jahrhundert gehören. Das Museum ist ebenfalls stolz auf seine numismatischen Sammlungen sowie die einzige aus dem 18. Jahrhundert stammende Kopie einer Weltkarte aus dem 13. Jahrhundert in Polen, auf der die Welt als Scheibe mit Jerusalem als Zentrum dargestellt ist. In den Räumen werden auch sakrale Gegenstände, Volkskunst und Andenken an den aus dem Podhale stammenden Dichter Władysław Orkan aufbewahrt, der die vier Klassen umfassende Volksschule der Zisterzienser in Szczyrzyc besucht hatte. Interessant sind Exponate, die sich auf die Geschichte des Brauwesens beziehen und in den Räumen ganz unten ausgestellt sind. Ein Museumsbesuch lohnt sich auch wegen seiner Skulpturensammlung. Hier befinden sich eine schöne Figur der Gottesmutter aus dem 16. Jahrhundert sowie auch Skulpturen von Jędrzej Wowro aus Gorzeń Górny sowie Józef Janos aus Dębno Podhalańskie.