Der Innenraum ist mit Kreuzgewölbe auf Gurten bedeckt, das sich auf den Wandpfeilern stützt, die ein auffälliges gebrochenes Gesims tragen. Der Chorbogen ist halbkreisförmig mit einem kunstvoll geschnitzten Kreuzbalken mit Darstellung einer Kreuzigungsgruppe auf einer Weltkugel, aus dem Spätbarock aus der Wende des 17. und 18. Jahrhunderts. Der Hauptaltar selbst ist klassizistisch und stammt aus den 1840er Jahren. Im Altar sind eine gotische Skulptur der Jungfrau mit Kind aus dem 15. Jahrhundert sowie ein barockes Gemälde des heiligen Josef aus dem 18. Jahrhundert mit einem Vorhang ausgestellt. Im Antependium des Altars ist eine Ledertapete aus dem 2. Viertel des 18. Jahrhunderts eingelassen, die von den Soldaten des Hetmans Stanisław Jabłonowski nach der Schlacht bei Wien 1683 gebracht wurde. Die beiden frühbarocken Altäre stammen von 1618, die sonstigen Altäre aus dem 18. Jahrhundert, die Kanzel und das Taufbecken aus dem späten 17. Jahrhundert. Die Skulpturen der heiligen Ottilie und der heiligen Hedwig von Andechs stammen von 1470 aus den Beständen der Wawel-Kathedrale.

In den Jahren 2020-2022 wurde die Kirche im Rahmen des Projekts „Erhaltung und Wertschätzung des multikulturellen Erbes der Region Muszyna durch die Durchführung von Reparatur-, Bau- und Konservierungsarbeiten an der Barockkirche in Muszyna“ im Rahmen des Regionalen Operationellen Programms 2014-2020 der Woiwodschaft Małopolska vollumfänglich saniert und renoviert.

Das Vorhaben umfasste:

- Dachsanierung
- Sanierung der Fassade und der Außenelemente
- Sanierung des Glockenturms und der Kapelle
- Erschließung des Geländes rund um die Kirche
- Bau- und Restaurierungsarbeiten in der Kirche
- Restaurierungsarbeiten – bewegliche Denkmäler, darunter:

1. Erneuerung des Hauptaltars
2. Erneuerung des nördlichen Seitenaltars des hl. Josef
3. Erneuerung des südlichen Seitenaltars des hl. Johannes des Täufers
4. Erneuerung des Seitenaltars im Kirchenschiff des hl. Sebastian
5. Erneuerung des Seitenaltars im Kirchenschiff vom Heiligen Herzen Jesu
6. Erneuerung des Seitenaltars im Kirchenschiff der Heiligen Muttergottes vom Rosenkranz
7. Erneuerung des Seitenaltars im Kirchenschiff vom Heiligen Gekreuzigten Jesus
8. Erneuerung des Seitenaltars im Kirchenschiff des hl. Antonius von Padua
9. Erneuerung des Chorbogens mit der Kreuzigungsgruppe
10. Erneuerung der Kanzel
11. Erneuerung des Taufbeckens
12. Erneuerung folgender Gemälde: Hl. Anna selbstdritt, Festmahl im Haus von Simon, Porträt des Bischofs von Kraków Andrzej Załuski, Porträt des Bischofs von Kraków Andrzej Trzebnicki.