Es ist durchaus möglich, dass die erste, höchstwahrscheinlich 1391 urkundlich erwähnte Burg aus Holz im Koziejówka-Gebirgszug noch vor der heutigen Burg erbaut wurde. Die im 14. Jahrhundert erbaute Burg Muszyna diente vor allem der Verteidigung, was ihre strategische Lage belegt. Bauwerke dieser Art wurden häufig umgebaut, um die Verteidigungs- und Wohnzwecke besser zu erfüllen.  Außerdem konnte man von den Burgmauern aus die Grenze und den Handelsweg entlang des Flusses Poprad nach Ungarn gut bewachen. Leider war die Lage der Festung nicht gut gewählt, da das Koziejówka-Bergmassiv an dieser Stelle starker Erosion ausgesetzt war. Man versuchte die Mauern zu retten, 1455 kam es jedoch zu einer Baukatastrophe, bei der das mit der nördlichen und südlichen Wehrmauer verbundene Tor einstürzte. Die Schäden wurden aus Geldmangel provisorisch mit Holz und Lehm repariert. 1474 griff das ungarische Heer unter dem Kommando von Tomasz Tarcza die Burg an. Die Schlacht dauerte nur zwei Tage, da die provisorischen Befestigungen kaum Widerstand leisten konnten. Von der Heftigkeit der Schlacht zeugen zahlreiche Militaria, die bei den archäologischen Ausgrabungen hier gefunden wurden. Bis zu diesem Zeitpunkt war die Burg der Sitz der Starosten des sogenannten Muszyna-Staates, der von den Krakauer Bischöfen regiert wurde.

Nach ihrer Zerstörung während des ungarischen Angriffs wurde sie im Renaissancestil wiederaufgebaut. Die die Burg in zwei Bereiche trennende Mauer wurde abgetragen und ein Schlosswohngebäude errichtet. Zu diesem Zeitpunkt diente die Burg nur dem Grenzschutz und erfüllte keine Verwaltungsfunktion mehr. Um die Wende zwischen dem 16. und 17. Jahrhundert brannte die Burg bis auf die Grundmauern nieder. Nach diesem Vorfall wurde sie nie wieder aufgebaut und verfiel. Die Geschichte der Burg im 17. und 18. Jahrhundert ist aufgrund fehlender Quellen nicht genau bekannt. Sicher ist, dass die Burg bereits eine Ruine war, als 1770 die österreichischen Truppen  Muszyna einnahmen.

Der Turm diente später als Quelle für Gewinnung von Baumaterial. In den 1870er Jahren wurde unterhalb der Ruine ein Steinbruch eingerichtet. Durch Beschuss und die Verwüstung der Burgruine durch die Schatzsucher verfiel die Ruine immer schneller. Auch Fundamente und archäologisch wertvolle Bodenschichten wurden beschädigt. Vor dem Zweiten Weltkrieg war der Hügel mit den Ruinen von Wald bewachsen. 1936 wurde auf einem Steinsockel in den Ruinen eine Statue der Heiligen Jungfrau Maria, bekannt als Mutter Gottes guten Rats, aufgestellt. Die heutige Statue ist bereits die dritte an dieser Stelle und stammt von 1992. Hier finden Maiandachten statt.

2013 wurden nach dem Ende der Ausgrabungen die Mauerreste gesichert und die damalige Turmruine bis zum ersten Obergeschoss zu einer Aussichtsplattform ausgebaut, die ein schönes Panorama der Stadt bietet. 

Der Wiederaufbau der Burg Muszyna fand zwischen 2020 und 2023 statt. Dies war eine schwierige Aufgabe, da es nur wenige Quellen und Stiche gab und die Ruinen sehr schlecht erhalten waren. Im Laufe des Vorhabens wurden die Mauerfundamente freigelegt und der Turm mit drei Stockwerken wiederaufgebaut. Dazu entstand noch die Aussichtsplattform und eine Brücke über den trockenen Schutzgraben. Das oberste Obergeschoss des Turms bietet einen Panoramablick auf die Stadt und vermittelt uns die Vorstellung davon, warum gerade dieser Ort als Standort für den Wachturm gewählt wurde.

Im südlichen Teil der Burg, an der Stelle der ehemaligen Sommerresidenz der Krakauer Bischöfe, befindet sich ein Ausstellungssaal mit einer Aussichtsterrasse auf dem Dach. Im Rahmen der historischen Ausstellung kann man nicht nur die spannende und jahrhundertealte Geschichte der mehr als 600 Jahre alten Burg kennenlernen, sondern auch viele geheimnisvolle Legenden entdecken. Die Burg ist eine tolle Attraktion in Muszyna für Erwachsene und Kinder!