Die Burg Dunajec ist ein Ort, der nicht nur die Fantasie von Schatzsuchern beflügelt. Das dort gefundene Dokument soll angeblich Hinweise darüber enthalten, wo das geheimnisvolle Inka-Gold versteckt wurde... Das Khipu wurde vermutlich nach Niedzica von einem der Eigentümer der Burg aus der Familie Berzeviczy – Sebastian gebracht, der Ende des 18. Jahrhunderts durch Peru reiste. Vielleicht war das sein Souvenir von dieser Reise.

Die Bezeichnung Burg Dunajec taucht erstmals urkundlich 1325 auf. Die Burg wurde als Eigentum der Familie von Jan und Rykolf Berzeviczy, Herren von Brzozowica, erfasst. Nach der Familie Berzeviczy werden als die Eigentümer des Schlosses in Niedzica 1330 Wilhelm Drugeth, der Salinenmeister von Spisz, und danach sein Bruder Mikołaj genannt. 1425 befand sich das gesamte Dunajec-Gut im Besitz von Piotr Schwarz von Berzeviczy, dem Schatzmeister von Sigismund von Luxemburg. Jahrhunderte lang diente die Burg als ein ungarischer Wachturm an der Grenze zu Polen. Auf dem anderen, dem polnischen Ufer des Flusses Dunajec stand die Burg Czorsztyn.

Bis 1470 blieb die Burg in den Händen Rudygers Nachkommen, dann ging sie in den Besitz von Emeric Zapolya über, Salinenmeister in Spisz und Großvater von Barbara, der polnischen Königin und ersten Frau des Königs Sigismund des Alten. 
60 Jahre lang befand sich die Burg im Besitz der Familie Łaski: zuerst des Hieronim und später seines Sohns Olbracht. Der für seinen ausschweifenden Lebensstil bekannte Olbracht Łaski verpfändete zunächst die Burg und verkaufte sie später an Jerzy Horváth, der sie sorgfältig wieder aufbaute und in eine prächtige Renaissance-Residenz umwandelte. Danach wurde das Schloss an die italienisch-ungarische Familie Giovanelli verpachtet. Sie pflegten die Burg jedoch nicht und so begann sie zu verfallen. Nach dem Aussterben der Familie Giovanelli ging die Burg in den Besitz von Andrzej Horvath über. Der neue Besitzer baute den Ballsaal so aus, dass er die Burg in ganz Ungarn berühmt machte, da er dort zahlreiche und prunkvolle Bälle veranstaltete. 1858 wurde die Burg durch ein weiteres ungarisches Geschlecht – die Salamons übernommen.
 
Nach dem Ende des Ersten Weltkriegs befand sich die Burg auf polnischem Gebiet. Bis 1945 blieb sie im Besitz der Familie Salamon. Ab 1948 wurden Restaurierungs- und teilweise Wiederaufbauarbeiten an der Burg durchgeführt. In einem Teil der Räume wurde ein Arbeitshaus des Kunsthistorikerverbandes eingerichtet, während in den anderen ein Museum der Einrichtung und der Geschichte der Region Spisz eingerichtet und der Öffentlichkeit zugänglich gemacht wurde. 1960 wurde in dem Turm eine seismologische Station des Instituts für Geophysik der Polnischen Akademie der Wissenschaften eingerichtet.

In der Burg Niedzica wurden zahlreiche Filme gedreht. Unter anderem wurde hier der Film „Zemsta“ gedreht. In den Räumlichkeiten und in der unmittelbaren Umgebung der Burg wurde auch der polnische Film „Zwariowana noc“ gedreht. 1975 wurde hier der Film „Mazepa“ gedreht. Auch die Filme „Janosik“ und „Wakacje z duchami“ wurden hier gedreht. 

Heute dient die Burg als Museum und Hotel und ist eine der größten historischen Attraktionen im südlichen Teil der Woiwodschaft Małopolska. Zur Burg führt eine „Allee“ hinauf. Hinter dem Eingangstor und der Einfahrt liegt der Hof der Unterburg. In diesem Teil der Burg befinden sich die Gästezimmer. In dem musealen Teil können die s. g. Salamon-Gemächer besichtigt werden, die mit Gegenständen aus dem 16. bis 19. Jahrhundert ausgestattet sind. Eine Holztreppe führt zur Aussichtsterrasse. Durch ein weiteres Tor gelangt man in die Oberburg und in das Untergeschoss, das als Keller und auch als Gefängnis genutzt wurde (dort wurde die Folterkammer eingerichtet). Am Rande des Hofes der Oberburg befindet sich ein mehr als 60 Meter tiefer, in den massiven Kalksteinfelsen gehauener Brunnen. Die Gemächer der Oberburg umfassen: das Jagdzimmer, den Saal der Salinenmeister und die Wache.
Auf der gegenüberliegenden Ufer des Flusses Dunajec, auf einem Hang am See, erhebt sich die Ruine der Burg Czorsztyn.