Niestety ze średniowiecznej warowni pozostała dzisiaj już tylko malownicza ruina, na którą składają się resztki murów obronnych i budynków mieszkalnych, brama wjazdowa, ośmioboczny obniżony stołp oraz przykryta kratą studnia (obecnie już tylko mająca 20 metrów głębokości).

Jeszcze w czasie epoki żelaza, w miejscu gdzie stoi zamek, znajdowała się osada kultury łużyckiej zniszczona przypuszczalnie przez najazd Scytów.

Zamek wzniesiono na polecenie Kazimierza Wielkiego w II połowie XIV wieku, wówczas dobra ojcowskie stanowiły własność królewską. Kazimierz Wielki nazwał zamek „Ojciec u Skały”, wg legendy upamiętniając w ten sposób tułaczkę swego ojca - Władysława Łokietka, który  ukrywał się w jednej z jaskiń. Nazwa przetrwała jako Ojców. Zamkiem zarządzał wówczas burgrabia, a pierwszym z nich był Zaklika wymieniany w 1370 r. działający tu z ramienia starosty krakowskiego.

Za Jagiellonów zamek ojcowski wraz z kilkoma wsiami stał się starostwem niezależnym od starostwa krakowskiego. Dokumenty wymieniają wielu starostów na zamku ojcowskim. Z tego czasu brak jakichkolwiek informacji o stanie zamku. Dopiero zachowana lustracja z 1620 r. wspomina, że starosta Mikołaj Koryciński objął zamek bardzo spustoszały i częściowo go odrestaurował. Po śmierci Mikołaja starostwo przeszło w ręce jego synów - Mikołaja, a później Stefana.

Po zakończeniu wojen szwedzkich S. Koryciński przystąpił do restauracji zamku, którą po jego śmierci kontynuowała wdowa Anna Petronela Korycińska. Wówczas powstał nowy dom mieszkalny, któremu nadano charakter starościńskiej rezydencji. Lustracja z 1660 r. stwierdza znaczny postęp w pracach budowlanych i podaje pierwszy znany opis budowli i całego wzgórza, na które wchodziło się przez zwodzony most wsparty na filarach ponad głęboką fosą. Resztki dwóch filarów przetrwały po prawej stronie przed wejściem do bramy wjazdowej.

Starostwo wraz z zamkiem ojcowskim przeszło następnie w ręce Mikołaja Korycińskiego, a po nim przejął je Jan Kazimierz Warszycki. W XVIII w. starostwo znalazło się w posiadaniu Łubieńskich, a później w drodze koligacji rodzinnych w rękach Załuskich. Ostatni z tej rodziny, Teofil Załuski, przyjmował 5 VII 1787 r. na zamku ojcowskim króla Stanisława Augusta Poniatowskiego. Król najpierw zwiedził Jaskinię Ciemną, a później był przyjmowany w bogato przyozdobionych, zastawionych pięknymi zdobionymi meblami zamkowych komnatach a następnie zaproszony do kaplicy zamkowej trzymał do chrztu córkę Teofila Załuskiego, której nadano imię Maria Salomea.

Po III rozbiorze Polski zaczął się proces szybkiej dewastacji, choć ostatni właściciele zamku próbowali częściowo odnawiać ruiny.

Według zachowanych przekazów ikonograficznych i badań stan zamku w pierwszej połowie XVIII w. przedstawiał się następująco: do bramy wjazdowej prowadził most drewniany rozpięty nad głęboką fosą, oporęczowany i wsparty na trzech parach murowanych filarów. Dwukondygnacyjny budynek bramy z przejazdem na dole i izbą na piętrze wieńczył łamany dach polski. Od bramy w kierunku wsch. biegł fragment muru, kryjący prawdopodobnie w górnej partii ciąg komunikacyjny, a na prawo od niego na prostokątnym cyplu skalnym, porośniętym dziś drzewami, wznosił się okazały gmach mieszkalny, dwukondygnacyjny, z łamanym dachem. Część mieszkalna parteru składała się z przedsionka sieni głównej (stąd biegły schody do piwnic i na piętro), sześciu izb i dwóch alkierzy. Od strony pn. przylegała kaplica (orientowana), której rzut stanowi wydłużony prostokąt, wybiegający częściowo poza wsch. elewację budynku głównego. Podobny układ miało piętro z tą różnicą, że od strony zach. zamiast dwóch izb była jedna duża, reprezentacyjna. Na pn. zach. od części mieszkalnej znajdował się obszerny dziedziniec otoczony murem, wzdłuż którego stały zabudowania gospodarcze: psiarnia, szopa, dwie stajnie, za nimi oparkaniony ogród, kuchnia i kurnik. Na środku dziedzińca, naprzeciw kuchni, była ocembrowana studnia, głębokości 48 m, wykuta w skale; dziś ma ok. 20 m, a obecne jej obmurowanie pochodzi z 1972 r. Nad całym założeniem dominowała wieża (od 2 poł. XIV w. mająca rzut ośmioboczny, wewnątrz okrągła) o 2 piętrach, na więźniów, do niej drzwi żelazne, jak podaje lustracja z 1789 r. Zamek w tym stanie przetrwał do upadku Rzeczypospolitej w 1795 r. Wg cytowanej lustracji u podnóża zamku znajdował się także folwark, w nim rezydencja dla ekonoma, piekarnia z komorą, 4 chlewy, wozownia, browar, gorzelnia, karczma, młyn i tartak.

Po III rozbiorze Polski zaczął się proces szybkiej dewastacji zamku ojcowskiego.

W 1829 r. rząd rosyjski sprzedał Ojców Konstantemu Wolickiemu, który rozebrał zamkowe mury. Pozostawiono jedynie bramę wjazdową, ośmioboczną wieżę i mury obronne.

W XIX w. kilkakrotnie podejmowano próby odnowienia lub nawet odbudowy zamku. Konkretne plany podjął pod koniec XIX w. Ludwik Krasiński, który zamierzał po odrestaurowaniu zamku urządzić w jego wnętrzach muzeum archeologiczno-przyrodnicze. Zgromadziwszy materiał budowlany przystąpił do pierwszych prac, podczas których zlikwidowano most i zasypano fosę, a ośmioboczną wieżę, ze względu na słabą wytrzymałość jej murów, obniżono o ok. 6 m. Prace restauracyjne ograniczyły się do odnowienia bramy wjazdowej. Śmierć L. Krasińskiego przerwała dalsze prace konserwatorskie. Właścicielką Ojcowa została jego córka - Ludwika Czartoryska. Nowa właścicielka w 1913 r. przystąpiła do konserwacji ruin i częściowej odnowy baszty. Zbudowano wówczas kominek w wieży i schody w jej dolnej kondygnacji.