Wieś Wojkowa leży między malowniczymi wzgórzami Gór Leluchowskich w Beskidzie Sądeckim, nieopodal granicy ze Słowacją. Początki osadnictwa sięgają tu prawdopodobnie XIII wieku, kiedy na Stupnem (817 metrów n.p.m.) stał zamek, a na terenach obecnej wsi prawdopodobnie strażnica graniczna. Lokacja wsi nastąpiła w 1595 roku na mocy przywileju biskupa krakowskiego Jerzego Radziwiłła. Ludność Wojkowej trudniła się aprowizacją dworu biskupiego, między innymi w wino, a także uprawą roli, hodowlą bydła i produkcją węgla drzewnego. O jej zamożności świadczyło istnienie folusza, młyna, tartaku i karczmy.

W początkach XX wieku we wsi działała szkoła i czytelnia. Akcja „Wisła” polegająca na wysiedleniu miejscowej ludności w latach 1945–1947 na ziemie zachodnie, zmusiła zamieszkujących Wojkową Łemków do opuszczenia wsi. O ich obecności świadczą łemkowskie chaty, spichlerze, kapliczki oraz liczne kamienne krzyże.

Od początku istnienia parafii greckokatolickiej była tu też świątynia unicka, po której zniszczeniu lub spaleniu, w 1792 roku wyżej niż zabudowa wsi, zgodnie z założeniem greckokatolickiego budownictwa sakralnego, wzniesiono nową, do dziś istniejącą cerkiew zachodnio-łemkowską.

Jest to cerkiew drewniana, konstrukcji zrębowej o ścianach oszalowanych poziomo, z narożnikami osłoniętymi pionowymi listwami. To budowla trójdzielna, jednonawowa z kwadratową nawą, węższym prezbiterium i babińcem. Dach namiotowy zdobią trzy baniaste wieżyczki ze ślepymi latarniami. Wieża konstrukcji słupowej jest podbita gontem i kryta blachą. W 2019 roku wymieniono zewnętrze pokrycie ścian i dachów cerkwi.

Ściany we wnętrzu świątyni zdobi polichromia figuralno-ornamentalna z XX wieku, niedokończona z powodu wojny. Cenne wyposażenie pochodzi z XVIII–XIX wieku. Zachował się między innymi kompletny, rokokowy ikonostas z końca XVIII wieku, z rzędami ikon, owalnymi obrazami i bogato zdobionym krzyżem. Przed carskimi wrotami ikonostasu ustawiono nowy ołtarz. Poza tym rokokowe tabernakulum z drugiej połowy XVIII wieku oraz drugie tabernakulum w kształcie małej świątyni, z przełomu XIX i XX wieku oraz obrazy na ścianach i cenna płaszczenica, płótno z namalowanym Chrystusem leżącym w grobie, którym w obrządku wschodnim nakrywano Grób Pański w czasie Wielkanocy.

Zabytek znajduje się na Szlaku Architektury Drewniane w Małopolsce.