W Domu Jana Matejki w Krakowie zgromadzono 6 tysięcy eksponatów; wśród nich są rzeczy osobiste Matejki i jego rodziny, żony Teodory i dzieci, przedmioty, które kolekcjonował przez całe życie, listy, oficjalne dokumenty, pamiątki jubileuszowe, a przede wszystkim obrazy i rysunki artysty.

O muzeum biograficzne, poświęcone wielkiemu polskiemu malarzowi, zaczęło zabiegać po śmierci artysty Towarzystwo jego imienia. Dużym nakładem sił, w wykupionym od rodziny domu, gromadzono systematycznie eksponaty związane z postacią Jana Matejki i jego rodziny, prezentując je po raz pierwszy publiczności już w 1898 roku.

Dom Jana Matejki to niezwykłe muzeum, które umożliwia bardzo głębokie poznanie życia i twórczości artysty. Tak, jakby sam mistrz zaprosił nas do domu. W starej krakowskiej kamienicy przy ulicy Floriańskiej, z którą był związany całe życie, można obejrzeć wystawę stałą, jak i wystawy czasowe związane z zainteresowaniami Matejki.

Oddział prowadzi także działalność edukacyjno-oświatową: lekcje muzealne, warsztaty plastyczne dla dzieci, spotkania muzyczne oraz cykl wykładów - Czwartki u Matejków.