Projekt kościoła w stylu postmodernistyczno-symbolicznym, to połączenie baroku z elementami architektury Bazyliki świętego Piotra i rzymskich łuków triumfalnych. Nawiązuje do budynków z Wadowic, Krakowa i Rzymu, co symbolizuje drogę Karola Wojtyły na stolicę Piotrową. Budowę rozpoczęto w 1984 roku, w 1988 roku wmurowano kamień węgielny z drzwi Bazyliki świętego Piotra w Watykanie, prace w 1991 roku zakończyła konsekracja, której dokonał Papież Jan Paweł II. 
Centralne miejsce w kościele zajmuje ołtarz główny z kopią fresku Perugina z Kaplicy Sykstyńskiej. Spływają z niego dwie wstęgi czerwonego marmuru, tworzące na posadzce zaznaczony czerwonymi płytkami obrys placu świętego Piotra z miejscem zamachu na Papieża. Czerwone wstęgi symbolizują „strużki krwi” Jana Pawła II przelane podczas zamachu. Wmurowano też tablicę z datą zamachu – 13 maja 1981 roku. Poza tym w świątyni znajdują się dwa ołtarze boczne, Miłosierdzia Bożego i otaczany czcią Matki Boskiej Fatimskiej. W oknach widać witraże nawiązujące do objawień fatimskich. 
Za kościołem na wzniesieniu w 2003 roku wybudowano ścieżkę na wzór Golgoty. Przy niej ustawiono stacje drogi krzyżowej, tablice z Dekalogiem i Ośmioma Błogosławieństwami, na Golgocie stoi też Krzyż Misyjny. Przed świątynią ustawiono pomnik Jana Pawła II, dzieło włoskiego artysty Luciano Minguzziego. Z boku stoi kaplica konsekrowana w 1986 roku przez księdza kardynała Franciszka Macharskiego, a z drugiej strony dzwonnica z trzema dzwonami.