Centrum składa się kościoła, klasztoru i domu pielgrzyma. W czasie II wojny światowej milion trzysta tysięcy ludzi poniosło śmierć w obozie Auschwitz-Birkenau. Maksymilian Maria Kolbe został przywieziony do obozu 28 maja 1941 roku, a pod koniec lipca poniósł dobrowolną śmierć za nieznanego sobie człowieka Franciszka Gajowniczka. Dlatego Centrum świętego Maksymiliana jest miejscem modlitwy i refleksji, duchowego odpoczynku i rekolekcji oraz upamiętnienia męczeńskiej śmierci świętego Maksymiliana. Służy też budowaniu pokoju, miłości i pojednania między narodami i religiami. Po utworzeniu obozu w Oświęcimiu okupanci wysiedlali okoliczne wsie, w tym Harmęże, na której terenie założyli farmę drobiu i królików oraz hodowlę ryb. Tak powstał podobóz KL Auschwitz Harmense, w którym pracowali więźniowie. Dlatego też tu powstało Centrum świętego Maksymiliana. Decyzję o założeniu klasztoru podjęto w 1986 roku, w 1988 roku pierwsi zakonnicy zamieszkali w murowanym domu, a drewniany zaadaptowano na kaplicę. W 1990 roku ksiądz kardynał Franciszek Macharski erygował klasztor i parafię oraz powierzył je zakonowi franciszkanów. W kaplicy umieszczono kopię figury Matki Bożej Niepokalanej z 1940 roku, którą rzeźbiarz z Poronina Bolesław Kupiec wykonał w obozie, zwaną Matką Bożą zza drutów. Kościół ukończono w 1993 roku, w 1994 roku rozpoczęto budowę klasztoru. W 1995 roku w podziemiach kościoła powstała wystawa 374 prac więźnia obozu Mariana Kołodzieja – Klisze pamięci. Labirynty, ukazująca straszliwe obozowe wspomnienia. Prochy twórcy obrazów umieszczono w kościelnej krypcie. W 1999 roku do klasztornego ogrodu przeniesiono 303 krzyże stawiane na dawnym Żwirowisku przy obozie w Oświęcimiu. W 2004 roku w kościele umieszczono Tablice Pamięci poświęcone kapłanom i zakonnikom zgładzonym w Auschwitz-Birkenau. W 2005 roku w Centrum świętego Maksymiliana Marii Kolbego obchodzono 60. rocznicę wyzwolenia obozu. W 2008 roku zakończono prace przy kaplicy Matki Bożej zza drutów. W kościele w ołtarzu głównym znajduje się obraz Matki Bożej Niepokalanej z franciszkańskiego kościoła we Lwowa, przed którym modlił się młody Rajmund Kolbe, późniejszy Maksymilian. Po II wojnie światowej zakonnicy ukryli obraz i w 1946 roku przewieźli do krakowskiego klasztoru, a później przekazali do Centrum świętego Maksymiliana Marii Kolbego.