W 1895 roku do Krakowa przybył ze Lwowa Jan Apolinary Michalik i w kamienicy Bełzowskiej, przy Drodze Królewskiej, założył Cukiernię Lwowską. Klimat i świetna lokalizacja sprawiły, że od razu stała się miejscem kultowym i popularnym, ulubionym miejscem spotkań malarzy, aktorów i literatów, którzy pomieszczenie bez okien nazywali Jamą Michalika.

W 1904 roku powstał tu zbiór karykatur aktorów Teatru Miejskiego w Krakowie, z działami między innymi Karola Frycza i Witolda Wojtkiewicza. Część z nich ozdobiła ściany kawiarni, zawisły tu też obrazy i karykatury artystów takich jak: Józef Czajkowski, Iwo Gall czy Kazimierz Sichulski.

W 1905 roku August Kisielewski z grupą przyjaciół artystów założył w kawiarni pierwszy w Polsce Kabaret Zielony Balonik, wyśmiewający fałszywą moralność krakowskich mieszczan. Współtwórcami kabaretu i pierwszej w kraju szopki satyryczno-politycznej byli: Tadeusz Boy-Żeleński, Witold Noskowski, Stanisław Sierosławski, Rudolf Starzewski, Mieczysław Trzciński, Jan Szczepkowski i Edward Leszczyński. Kabaret działał do 1912 roku.

Secesyjne wnętrze kawiarni powiększono i wyremontowano w 1910 roku. Pracowali przy tym Karol Frycz, Franciszek Mączyński, Kazimierz Sichulski i Henryk Uziembło. Powstała Sala Zielona doświetlona witrażem sufitowym z kryształową lampą oraz Sala Górka z estradą, nakryta szklanym dachem. Lalki do szopki projektu Stanisława Kamockiego, wykonali Ludwik Puget i Jan Szczepkowski. Niezwykłości wnętrzu dodały secesyjne meble z zielonymi obiciami, witraże, fantazyjne odrzwia i ramy oraz freski i lamperie, obrazy, rysunki i karykatury, lalki w gablotach, mosiężne kinkiety i lampy w kolorowych abażurach.

Kres świetności młodopolskiej Jamie Michalika położył wybuch pierwszej wojny światowej. Zdewastowane lokal przetrwał też drugą wojnę światową.

W okresie powojennym w Jamie Michalika dział Kabaret Tadeusza Kwiatkowskiego, Jacka Stwory i Brunona Miecugowa, nawiązujący do tradycji kabaretu Zielony Balonik, a w Sali Górka debiutowali znani aktorzy. W 1986 roku kamienicę Bełzowską nabył Stanisław Jerzy Kuliś i w 1992 roku przeprowadził remont. Uratowano i odrestaurowano zniszczone polichromie, do wnętrz powrócił klimat epoki Młodej Polski, na ścianach zawisły karykatury, pejzaże i obrazki bywalców.

Do Jamy Michalika powrócił też duch artystyczny. Przywrócono występy aktorskie i kabaretowe. Występują tu teatry z Polski i z zagranicy, najlepsi satyrycy, aktorzy i grupy twórcze, organizowane są jubileusze, wieczory literackie i autorskie, koncerty i recitale, kabarety, promocje albumów, sesje naukowe, sympozja, spotkania historyczne, polityczne i prelekcje oraz wernisaże i wystawy. Jama Michalika współpracuje z uczelniami i szkołami, w tym z Uniwersytetem Jagiellońskim, Akademią Sztuk Pięknych i Wyższą Szkołą Teatralną oraz fundacjami i stowarzyszeniami. Realizowane są filmy i programy telewizyjne.