Muzeum podzielone zostało na kilka stref - część wprowadzającą z kinem, ogólną strefę dotyczącą historii wódki, część opisującą procesy produkcji oraz historię zakładów na terenie Fabrycznej 13. Ekspozycję zwiedza się z dwoma postaciami: sarmatą oraz osobą pracującą w Polmosie. Pomimo różnicy czasów, w których żyli spotykają się w Muzeum Fabryki Wódki, aby poopowiadać o wspólnym temacie jakim jest wódka.

Fabryka Wódki to niemal 1100 m² przestrzeni do zwiedzania, zarówno indywidualnego, jak również z przewodnikiem. W trakcie półtoragodzinnej wycieczki na zwiedzających czekają interaktywne ekspozycje i stanowiska multimedialne opowiadające historię rozwoju technologii wytwarzania wódki na przestrzeni wieków, dzięki której będzie można dowiedzieć się o dawnych metodach produkcji i recepturach, ale przede wszystkim poznać znaczenie i miejsce wódki w historii, kulturze i gospodarce na przestrzeni wieków. Będzie to niezwykła podróż w czasie, pełna interesujących, mało znanych i zaskakujących faktów. Jest to jedyne muzeum tego alkoholu na świecie, które może się poszczycić zbiorem autentycznych urządzeń gorzelniczych tworzących kompletny ciąg technologiczny do produkcji spirytusu.

Muzeum tworzy siedem galerii tematycznych, na które składają się między innymi prezentacja średniowiecznej aparatury do destylacji gorzałki, uczta w dworze szlacheckim, rewolucja w gorzelnictwie wraz z XIX-wieczną przemysłową aparaturą do produkcji wódki, bar z okresu II RP, plac przed Wytwórnią Wódek nr 11 z lat 30-tych wraz z bocznicą kolejową, rolnicza gorzelnia parowa przedstawiająca kompletny ciąg technologiczny, pomieszczenie rozlewni i załadunku gotowych wyrobów z lat 70-tych, wódki z czasów PRL oraz historia zakładu Polmos Kraków do 2010 roku.

Podróż do świata wódki kończy się degustacją w Utopia Vodka Bar, gdzie można spróbować zarówno mocniejszych trunków, jak i koktajli.