Funkcję pierwszego kościoła w parafii, erygowanej w Krynicy-Zdroju w 1951 roku, pełniła cerkiew greckokatolicka Objawienia Pańskiego. Tak było do 1997 roku, gdy biskup Józef Życiński przekazał ją wspólnocie greckokatolickiej i równocześnie podjęto decyzję o budowie nowego kościoła parafialnego.

Obecną świątynię zbudowano w latach 2002–2010 według projektu Czesława Białego. Kamień węgielny wmurował biskup Wiktor Skworc, kościół konsekrował biskup Andrzej Jeż. Projekt wyposażenia wnętrza opracował profesor Wincenty Kućma i Zbigniew Prokop.

We wnętrzu świątyni uwagę zwraca ołtarz główny wykonany z bloku granitu w kształcie stołu. Na jego przodzie widać odlew z Chrystusem i Apostołami. Pozłacane tabernakulum otaczają cztery płaskorzeźby ze scenami biblijnymi: rozmnożenia chleba, cudu w Kanie Galilejskiej, Ostatniej Wieczerzy oraz Jezusa Zmartwychwstałego. Nad tabernakulum umieszczono Ukrzyżowanego, a pod krzyżem wizerunek Matki Bożej Nieustającej Pomocy. W nawach bocznych znajduje się kilka obrazów, w tym ze świętym Janem Pawłem II i świętą siostrą Faustyną Kowalską, ołtarz chrzcielny ze sceną chrztu w odlewie z brązu oraz marmurowa chrzcielnica, przyścienne ołtarzyki i drewniane stacje drogi krzyżowej.