Historia kościoła świętej Małgorzaty splata się ściśle z historią Nowego Sącza. Razem z miastem doświadczała okresów świetności i momentów zniszczeń. Po raz pierwszy w dokumentach bazylika pojawia się w 1303 roku. Święta Małgorzata, panna i męczenniczka ścięta za wiarę w 278 roku była jego pierwszą patronką. I tak jest do dzisiaj. Kościół zbudowano w stylu gotyckim, z murami ceglano-kamiennymi i gotyckim sklepieniem. Z czasem do początkowej bryły dobudowano kaplice, a z dwóch wież pozostała jedna (pełniła funkcję dzwonnicy). 14 lipca, w dzień św. Małgorzaty odbywały się tutaj jarmarki. Kościół był bogato wyposażony i zdobiony. Charakterystyczne posągi świętych Małgorzaty, Katarzyny, Doroty i Barbary zostały umieszczone nad portalem kamiennym głównego wejścia. Kolejne lata odcisnęły piętno na architekturze bazyliki, którą próbowano zachować podczas generalnego odnowienia po II wojnie światowej. Dziś kościół świętej Małgorzaty w Nowym Sączu ma zarówno elementy gotyckie, jak i barokowe, zdobią go dwie wieże. W ołtarzu głównym znajduje się wizerunek Przemienienia Pańskiego prawdopodobnie z XV wieku.

W latach 2020–2022 kościół św. Małgorzaty w Nowym Sączu przeszedł kompleksową konserwację i renowację w ramach projektu pn. „Z architekturą przez wieki - renowacja 4 zabytkowych kościołów diecezji tarnowskiej” dofinansowanego z Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego na lata 2014–2020.