Historia sanktuarium sięga czasów Władysława Jagiełły, który w 1400 roku ufundował klasztor norbertanów i gotycki kościół. W 1611 roku kościół częściowo spłonął, odbudowano go w stylu renesansowym, gotyk zachował się jedynie w prezbiterium. Po kasacie zakonu norbertanów w 1784 roku, zaborcy austriaccy zamienili kościół na magazyn wojskowy a ołtarz z obrazem Matki Boskiej Pocieszenia zabito deskami. Kult obrazu Madonny odrodził się za sprawą jezuitów, którzy przejęli klasztor w 1832 roku, odnowili kościół i rozbudowali klasztor o kolegium. Do pierwotnie gotyckiej świątyni, z prezbiterium zamkniętym wielobocznie i sklepieniem siatkowym wspartym na przyporach, w XVII wieku dobudowano nawy, a w XVIII wieku wieżę i portal. Dziedziniec klasztorny, otoczony krużgankami z lat 70. XX wieku z płaskorzeźbami, od ulicy otacza mur z kutymi, barokowymi bramami z XVIII wieku. Są na nim: statua Matki Boskiej z Dzieciątkiem, ołtarz polowy z 1988 roku, drewniany krzyż misyjny i na ścianie kościoła płaskorzeźba Maryi.

Obraz Madonny znajduje się w neogotyckim ołtarzu głównym z 1890 roku i należy do najpiękniejszych wizerunków maryjnych w kraju. Namalował go nieznany artysta na desce lipowej w XVI wieku, prawdopodobnie w pracowni krakowskiej lub nowosądeckiej, w stylu gotycko-renesansowym. Na przełomie XVII i XVIII wieku opatem klasztoru był Jan z Zakliczyna Jordan i dlatego fundatorką obrazu była Zofia Jordanówna. W 1963 roku wizerunek koronował Prymas Tysiąclecia kardynał Stefan Wyszyński, przy koronacji asystował metropolita krakowski, biskup Karol Wojtyła. Od XVI wieku do sanktuarium pielgrzymują mieszkańcy Sądecczyzny.

Odpusty w sanktuarium przypadają na dzień Zesłania Ducha Świętego i święto Matki Bożej Pocieszenia, w niedzielę po wspomnieniu świętego Augustyna dnia 28 sierpnia.