Pierwszy drewniany kościół z XIII wieku, w XIV wieku zastąpiono murowaną, gotycką świątynią, która spłonęła w czasie potopu szwedzkiego w 1657 roku. Dziś ta najstarsza budowla w mieście, do której odbudowy w latach 1657–1685 wykorzystano część murów wcześniejszego kościoła, reprezentuje głównie styl barokowy. Kościół w XVIII wieku remontowano po zniszczeniu części sklepienia głównej nawy. Wtedy od frontu dobudowano do niego kościelną wieżę o wysokości 40 metrów, początkowo zwieńczoną drewnianym dachem, który w 1910 roku zamieniono na neobarokowy hełm kryty blachą. Do kościoła od południa przylega kaplica Matki Bożej Pocieszenia, której wizerunek uroczyście koronowano w 1988 roku, a rozwijający się kult sprawił, że świątynia otrzymała status sanktuarium maryjnego. Obok kościoła wznosi się mniejsza, barokowa świątynia świętego Jana z Kęt, przez mieszkańców miasta zwana kaplicą, wybudowana w 1715 roku podobno w miejscu urodzin świętego. To drugi stojący tu kościół wzniesiony w miejscu mniejszej kaplicy z XVII wieku. Jej fundatorem był między innymi dziekan kolegiaty świętej Anny w Krakowie, w której święty został pochowany. Wystrój kęckiego kościoła, szczególnie ołtarz główny z obrazem świętego Jana Kantego, nawiązuje do krakowskiej świątyni. Znajdują się w nim relikwie świętego.