Szczepanów to jedna z najstarszych miejscowości, w której kościół zbudowano wkrótce po chrzcie Polski. Pierwszą drewnianą świątynię ufundowali rodzice świętego Stanisława w latach 30. XI wieku, a może nawet wcześniej. Na jego miejscu w 1470 roku kronikarz i ówczesny proboszcz Jan Długosz wzniósł gotycki kościół. Historia szczepanowskiej parafii związana jest z kultem świętego Stanisława, kronikarze i historycy pisząc o świętym zawsze wspominali miejsce jego urodzenia czyli Stanisławów.  Bywali tu też polscy królowie, między innymi Władysław Jagiełło i Jan Kazimierz.

W latach 1911–1914 do kościoła dobudowano neogotycką, murowaną i nietynkowaną świątynię, projektu Jana Sas-Zubrzyckiego. Stara świątynia stała się prawą, boczną nawą nowego kościoła. Przy budowie rozebrano wolnostojącą dzwonnicę. W 1914 roku w starej części wybuchł pożar, spłonął dach, drewniany strop i wyposażenie. Świątynię odbudowano w latach 1925–1927 i konsekrowano w 1930 roku. W 1936 roku uroczyście obchodzono  tu jubileusz 900-lecia urodzin świętego Stanisława, a w 1978 roku rocznicę jego śmierci.

Na wysokiej, strzelistej kościelnej wieży wiszą dwa dzwony z XVI wieku. Przy wejściu do zakrystii zachował się kamienny portal z XVII wieku. W ołtarzu głównym znajduje się obraz świętego Stanisława. Freski w latach 1959–1961 wykonał Maciej Makarewicz. Sanktuarium wiele razy odwiedzał Karol Wojtyła, który już jako papież Jan Paweł II w 2003 roku nadał kościołowi status bazyliki świętych Marii Magdaleny i Stanisława, co ogłosił legat papieski kardynał Joseph Ratzinger, późniejszy papież Benedykt XVI. 

We wsi można także udać się do kaplicy Narodzenia świętego Stanisława, zbudowanej w 1861 roku w miejscu, w którym miał się urodzić przyszły święty. 

Sanktuarium jest celem pielgrzymek. Główny odpust trwa osiem dni od niedzieli przed, do niedzieli po uroczystości świętego Stanisława przypadającej na dzień 8 maja. Odbywają się też odpusty w kwietniu i lipcu.