Dzięki królowi Zygmuntowi III budowę świątyni w latach 1624–1626, w dużej mierze sfinansowano z dochodów miejscowej kopalni soli. W latach 1650–1655 z fundacji żupnika wielickiego Sebastiana Koszuckiego zbudowano klasztor. Kościół w Wieliczce był pierwszą murowana świątynią reformacką w Polsce. W 1718 roku budynki klasztorne i kościół spłonęły, odbudowano je w 1721 roku. W czasie pierwszej wojny światowej klasztor uległy poważnym zniszczeniom, w 1915 roku zajęły go wojska rosyjskie, później austriackie. W 1928 roku wzniesiono gmach nowicjatu, w którym dziś mieści się szkoła.

W barokowej, klasztornej świątyni wyposażenie z połowy XVIII wieku w większości wykonali stolarze i snycerze będący braćmi zakonnymi. Polichromie z 1928 roku są dziełem Jana Bukowskiego. W kaplicy przy zakrystii znajduje się zabytkowy krucyfiks. Michał Stachowicz namalował obrazy w ołtarzu głównym i bocznych oraz stacje drogi Krzyżowej i Ostatnią Wieczerzę w refektarzu. Nowsze obrazy są dziełem miejscowego malarza Stefana Chmiela.

W ołtarzu bocznym przechowywany jest obraz Matki Bożej Łaskawej, namalowany na cienkiej kamiennej płycie w barokowej manierze. Powstał on w połowie XVI wieku lub na początku XVII wieku we Włoszech i trafił do Wieliczki dzięki przybyłym po sól kupcom, którzy przywieźli go z Włoch lub Bałkanów. Początkowo umieszczono go w kapliczce, na miejscu której wzniesiono klasztorny kościół. Obraz przykrywa metalowa, pozłacana sukienka i liczne wota. W 1878 roku sukienkę rzeźbioną w drewnie lipowym zastąpiono sukienką srebrną. Wizerunek był kilkakrotnie konserwowany i częściowo przemalowywany, między innymi w latach: 1878, 1933 i 1976. Wstawiennictwu Maryi przypisywane jest uratowanie miasta w 1992 roku, gdy gwałtowny wypływ wody z kopalni groził zniszczeniem jego części. W 1995 roku obraz został ukoronowany złotymi koronami, poświęconymi przez Jana Pawła II.

Odpusty przypadają 2 sierpnia (święto Matki Bożej Anielskiej) i 4 października (wspomnienie św. Franciszka z Asyżu).