Tylko nieliczne wzniesienia przekraczają tu 800 metrów nad poziomem morza, a najwyższy szczyt – Wątkowa – wynosi 847 metrów. Malowniczości dodają tym terenom zakola i przełomy Wisłoki, a także jej dopływy, które głęboko rozcinają zbocza południowej części parku. Magurską ostoję, a właściwie jej otulinę, wyróżniają też niezwykle piękne zabytki kultury: łemkowskie cerkwie. Park ma typowo leśny charakter – do najpiękniejszych zbiorowisk należą naturalne lasy jodłowe oraz starodrzewy bukowe. Ich przerywnikiem są łąki, wrzosowiska i pastwiska. Na tych ostatnich, nieużytkowanych od 50 lat, obecnie znów prowadzi się wypas owiec, by nie zarosły drzewami. Łąki i wrzosowiska są co kilka lat koszone. Mimo że środowiska nieleśne zajmują w parku tylko 5 procent powierzchni, to one decydują o bogactwie florystycznym tych terenów. Rośnie na nich wiele gatunków rzadkich i chronionych, między innymi storczyki. Górzysta, leśna kraina jest ostoją wielu zwierząt. Żyją tu wszystkie duże ssaki drapieżne spotykane w Polsce: niedźwiedź, wilk, żbik, ryś. Na terenie chronionym gniazduje również wiele ptaków drapieżnych: orzeł przedni, puszczyk, myszołów, jastrząb, trzmielojad. Symbolem parku jest orlik krzykliwy, który nigdzie indziej w Polsce nie zakłada tak wielu gniazd.