Według tradycji spisanej przez Jana Długosza właścicielem zamku w 1246 roku był szlachcic Piotr Wydżga. Ale prawdziwym fundatorem strażniczego grodu była księżna Kinga, a zamek zwanym Wronin, wymieniono w dokumencie z 1320 roku. Z XIII wieku pochodzą odkryte resztki drewnianych budowli i wału ziemnego, a z przełomu XIII i XIV wieku fundamenty cylindrycznej wieży-stołpu.

W czasach Kazimierza Wielkiego rozbudowany i otoczony murami zamek, stał się ważną warownią z komorą celną, położoną przy szlaku handlowym na Węgry, czemu sprzyjało usytuowanie na wysokiej skale nad doliną Dunajca. W XV i XVI wieku zamek rozbudowano, powstał zamek dolny zwany Przygródkiem. Warownia stała się siedzibą starosty czorsztyńskiego, miejscem odpoczynku podróżujących monarchów i schronieniem w czasie wojen.

W latach 1629–1643 starosta Jan Baranowski herbu Jastrzębiec zbudował czterokondygnacyjną basztę dziś zwaną basztą Baranowskiego. W 1651 roku w czasie powstania chłopskiego zamek napadł i zajął Aleksander Kostka-Napierski. Ten awanturnik opłacony przez kozackiego hetmana, miał odciągnąć uwagę sił polskich od walk na Ukrainie, jakie prowadzono z kozakami Bohdana Chmielnickiego. Zamek odbiły wojska biskupa krakowskiego Piotra Gembickiego, a przywódcę powstania pojmano i stracono.

W latach 1734–1735, w czasie walk o tron między Augustem II Sasem i Stanisławem Leszczyńskim, zamek zniszczyły wojska kozackie, w 1790 roku zamek, w 1819 roku dobra czorsztyńskie z ruinami kupiła rodzina Drohojowskich, w której rękach pozostał do 1945 roku.

Dziś do zwiedzania udostępnione są utrwalone ruiny zamku średniego i górnego, renesansowa baszta Baranowskiego i Zieleniec. W kilku odbudowanych salach mieści się ekspozycja historyczno-archeologiczna. Zamek jest pod opieką Pienińskiego Parku Narodowego, na jego terenie znajduje się stanowisko endemitu pienińskiego – pszonaka pienińskiego, na którego kwiatach można obserwować niepylaka apollo. Z zamku roztacza się panorama na Jezioro Czorsztyńskie, Pieniny i Tatry.