Od marca 2021 roku Dom pod Krzyżem jest siedzibą Centrum Interpretacji Niematerialnego Dziedzictwa Krakowa, funkcjonującego jako Oddział Muzeum Krakowa. Działalność centrum oparta jest na definicji niematerialnego dziedzictwa kulturowego zapisanej w Konwencji UNESCO w sprawie ochrony niematerialnego dziedzictwa kulturowego z 2003 roku.

Obecnie w muzeum mamy możliwość zapoznania się z żywymi tradycjami podtrzymywanymi i kultywowanymi przez Krakowian. Mamy szansę poznać ludzi pełnych pasji, między innymi: szopkarzy krakowskich, organizatorów orszaku Lajkonika czy krakowskie koronczarki. W oddziale organizowane są liczne zajęcia edukacyjne dla dzieci i młodzieży związane z dziedzictwem i krakowskimi tradycjami, a także teatrem. Mają tam miejsce wystawy czasowe oraz różnorodne wydarzenia. Z założenia przestrzeń Domu pod Krzyżem jest dostępna dla krakowian w celu twórczego przetwarzania dziedzictwa.