W XIV wieku kościół z klasztorem ufundował dla dominikanów książę cieszyński Mieszko I, a ich budowę kontynuował książę oświęcimski Władysław. W 1594 roku dominikanie z okazji kanonizacji świętego Jacka przekształcili gotycki XIV – wieczny kapitularz (miejsce narad przełożonych klasztoru) w kaplicę świętego Jacka Odrowąża, orientowaną podobnie jak kościół. W latach 1608 – 1610 świątynię przebudowywano na renesansową. W 1782 roku dominikanów usunęły rozbiorowe władze austriackie. W XIX wieku w kościele urządzono magazyn, cały zespół klasztorny popadł w ruinę. W 1894 roku w czasie procesji z okazji Bożego Ciała na ruinach dawnego kościoła pod wezwaniem Świętego Krzyża objawiła się Matka Boska, co stało się impulsem do odzyskania i odbudowy świątyni w 1898 roku przez salezjan, którzy umieścili w nim kopię obrazu Matki Bożej Wspomożycielki Wiernych z włoskiego Turynu (kolebka salezjan, światowe centrum kultu Wspomożycielki), a budowla zatraciła swój pierwotny charakter stając się neogotycką. Wstawiennictwu Matki Bożej Wspomożycielki Wiernych przypisuje się ocalenie sanktuarium w czasie największego nalotu bombowców alianckich na Oświęcim w 1944 roku czy też przetrwanie tutejszej salezjańskiej szkoły zawodowej jako jedynej w czasach komunizmu tego typu placówki prowadzonej przez księży.

Kościół jest murowany z cegły i opięty szkarpami (dwuskokowe przy prezbiterium, trójuskokowe przy nawie). Dawne prezbiterium jest dziś nawą zamkniętą prostokątnie, trójprzęsłową ze sklepieniem żebrowym (po przebudowie świątynia nie jest już orientowana tak, jak kaplica św. Jacka, z którą pierwotnie stanowiła zespół klasztorny). Nawa główna oddzielona ostrołukową tęczą jest obszerna z galeriami i chórem. Ołtarz główny z obrazem i rzeźbami nawiązuje do wezwania kościoła i świętych salezjańskich. Ściana wejściowa z trójkątnym szczytem z oknem rozetowym. Od zachodu w latach 80. XX wieku dobudowano nową nawę krytą dachem dwuspadowym, od zabytkowej części kościoła różniącą się kolorem cegły (jaśniejsza). Wiele elementów wyposażenia jest stylizowana na neogotyk (konfesjonały, żyrandole, nastawa ołtarzowa). Bogata jest także reprezentacja ikonograficzna – na ścianach nawy znajdują się grupy figuralne zgromadzone wokół wybranych świętych, a towarzyszą im obrazy scen z życia stylizowane na malarstwo renesansu. W oknach znajdują się kolorowe witraże. Od kilkunastu lat prowadzone są prace remontowe i rewitalizacyjne przy kolejnych fragmentach świątyni obejmujące jej wnętrze jak i elewację zewnętrzną.

Cenna gotycka kaplica świętego Jacka Odrowąża została zbudowana, podobnie jak kościół, z cegły na planie prostokąta. Od XX wieku do jej wnętrza prowadził przedsionek z kamiennym portalem, nad którym umieszczona została rozeta. W krypcie pod posadzką zostali pochowani książęta i kasztelani oświęcimscy i dobrodzieje klasztoru – ich doczesne prochy przeniesione z krypty dawnego klasztornego kościoła dominikanów na przełomie XIX i XX wieku.

W sanktuarium wyznaczono dni odpustowe: 31 stycznia w uroczystość świętego Jana Bosko, Ojca Założyciela zgromadzenia salezjanów oraz 19 marca w uroczystość świętego Józefa Oblubieńca, a także 24 maja w odpust Najświętszej Maryi Panny Wspomożenia Wiernych.