Budowę klasztoru, na planie czworoboku z niewielkim kościołem z wieżą, rozpoczęto w 1629 roku, w 1633 roku zamieszkali tu pierwsi pustelnicy. W skrzydłach klasztornych są pomieszczenia wspólne i cele zakonników połączone krużgankiem. Wczesnobarokowy kościół świętego Proroka Eliasza z lat 1631–1640, wzniesiony na planie krzyża, zdobiony jest czarnym marmurem. Przylegają do niego kaplice, świętego Jana od Krzyża i świętego Rafała Kalinowskiego z jego relikwiami. W ołtarzu głównym znajduje się obraz świętego Eliasza, dzieło Tomasza Dolabelli z 1640 roku, a w ołtarzu bocznym cudowny obraz Matki Bożej Szkaplerznej z XVII wieku. Na placu przed kościołem znajduje się grota z pomnikiem proroka Eliasza i źródełko. Studnia klasztorna wykuta w litej skale w latach 1644–1651, obudowana, jest przykryta kopułą krytą gontem, wspartą na kolumnach. Obok jest cmentarz klasztorny z lat 1843–1845. Z 12 eremów pozostały ślady po czterech, jeden zwany pustelnią świętej Agnieszki odbudowano w latach 1966–1969. Są też dwie z trzech grot skalnych i ruiny mostu nad potokiem Eliaszówka, zwanego Diabelskim Mostem. Na stoku wzgórza w latach 1986–1990 stanęły stacje drogi krzyżowej z rzeźbami i kilka kaplic, ołtarz polowy. Wyżej jest  punkt widokowy.

Cały teren otaczał mur klauzurowy, z którego zachowały się tylko ruiny. Obraz Matki Bożej Szkaplerznej, namalowany na płótnie w XVII wieku przez nieznanego malarza według wzoru bizantyjskiej Madonny z bazyliki Santa Maria Maggiore w Rzymie, był darem klasztoru karmelitów z Krakowa i znajduje się w kościele od XVIII wieku. Do rozprzestrzenienia się kultu obrazu przyczynił się święty Rafał Kalinowski. W 1974 roku na obraz nałożono srebrną sukienkę i korony. Najważniejsze święta obchodzone są 16 lipca w uroczystość Matki Bożej Szkaplerznej i 20 listopada lub w pierwszą niedzielę po tej dacie, w uroczystość świętego Rafała Kalinowskiego. Teren klasztoru położony jest na obszarze Natura 2000 Czerna, w którym chroniona jest kolonia rozrodcza podkowca małego, znajdująca się w piwnicy klasztornej. Występują tu też nocek orzęsiony i nocek duży.