Die Gesamtlänge der Gänge in der Drachenhöhle beträgt 276 Meter, von denen 81 Meter im Rahmen des Touristenrundgangs für die Besucher zugänglich sind. Der Eingang zur Höhle des Wawel-Drachens befindet sich in einem neugotischen Türmchen, das sich hinter dem Diebesturm an der Wehrmauer des Wawel-Schlosses von der Weichsel-Seite aus befindet. Die Höhle ist beleuchtet und umfasst drei für die Besucher innerhalb des Rundgangs zugängliche Kammern. Am Anfang muss man eine Wendeltreppe mit 135 Stufen hinaufsteigen, die zur ersten Kammer der Drachenhöhle führen, aus der einst das Wasser für die Bewohner des Wawel-Hügels geschöpft wurde. Die nächste Kammer wird von einer Ziegelkuppel überwölbt und ist der größte Raum der Drachenhöhle, die letzte Kammer wiederum verfügt über die vielfältigsten Karstformen. Der Ausgang befindet sich an der Weichselpromenade, am Fuße des Wawel-Hügels. Er wird von einer Skulptur des feuerspeienden Wawel-Drachen bewacht, die 1972 von dem Bildhauer Bronisław Chromy geschaffen wurde. Ein Besuch der Höhle ist zweifellos eine der größten Attraktionen des Hügels für die Kinder. Bei der Planung Ihres Besuchs sollten Sie bedenken, dass die Temperatur in der Höhle niedriger ist als draußen, es ist deshalb ratsam, zusätzlich ein Sweatshirt mitzunehmen.
Andere Teile der Höhle sind für Touristen unzugänglich. Sie bestehen aus zwei Gängen: Der erste, der in der Nähe des Ausgangs beginnt, führt nach Süden zur Skulptur des Wawel-Drachen. Der zweite, viel längere, wurde durch einen 1974 geschaffenen Tunnel erschlossen. Es handelt sich um ein System von kleinen Räumen und Gängen mit einem Siphon im ersten Teil. Eine Besonderheit der dortigen Seen ist ein seltenes Krustentier - Höhlenflohkrebs.
Es gibt mehrere Legenden über den mythischen Holophagus („Ganzfresser“), wie der Drache von dem Krakauer Chronisten Wincenty Kadłubek genannt wurde. Der Drache lebte während der Herrschaft des legendären Stadtherrn Krakus. Kadłubek zufolge konnte das Untier von Krakus‘ Söhnen bezwingt werden, die ihm in die Rinderhaut eingenähte Schwefel zum Fressen gaben (der Drache verlangte angeblich nach einem ständigen Nachschub an Vieh und hatte, wenn sein Appetit nicht gestillt wurde, die üble Angewohnheit, die Bewohner der unmittelbaren Umgebung zu fressen). Leider nutzte der jüngere Bruder die ganze Situation aus, um den älteren Bruder heimtückisch zu ermorden (er beschuldigte den Drachen für diese üble Tat) und den ersten Platz in der Thronfolge einzunehmen. Nach Bekanntwerden des Verbrechens wurde der jüngere Bruder, der zu diesem Zeitpunkt bereits Herrscher von Kraków war, verbannt, und seine Schwester Wanda (diejenige, die einer weiteren Legende nach keinen Deutschen heiraten wollte), übernahm den Thron. Der andere Chronist Długosz hingegen schreibt die Tötung des Reptils Krakus selbst zu, und seit dem Ende des 16. Jahrhunderts wird die Geschichte mit dem Schuster Skuba in Verbindung gebracht, einem Vorfahren der mächtigen Familie Awdaniec, dem der berühmte Trick mit der Haut und dem Schwefel zugeschrieben wurde. Skuba sollte für den Drachentod mit einem Wappen und dem Adelstitel belohnt werden.