Er besuchte die Kirche auch als Papst, während aller drei Besuche in Wadowice – 1979, 1991, 1999. 1992 erhob Johannes Paul II die Kirche Mariä Opferung in den Rang einer Basilika Minor. In der Basilika befinden sich vier Kapellen. Die Heiligkreuzkapelle mit dem Gnadenbild der Maria Immerwährender Hilfe von Wadowice, das vom Papst während seines letzten Bausches mit päpstlichen Kronen ausgeschmückt wurde. Die Kapelle der hl. Familie mit Figuren der hl. Familie, in ihrer Mitte steht das Taufbecken, an dem am 20. Juni 1920 Karol Józef Wojtyła das Sakrament der Taufe empfing. Die Kreuzigungskapelle, in ihrem Tabernakel werden Reliquien der Heiligen aufbewahrt: Pater Pio, Szymon aus Lipnica und Maksymilian Kolbe. Die Kapelle des seligen Papstes Johannes Paul II, auf dem Altar befindet sich ein Reliquiar mit Blut Johannes Paul II, über ihm ein Bild des Schutzheiligen der Kapelle. In der Kapelle steht eine Skulptur des seligen Johannes Paul II sowie der Hirtenstab des Papstes Benedikt XVI – ein Erinnerungsstück an den Pilgerbesuch des Papstes in Wadowice im Jahr 2006.