Eine Kirchengemeinde gibt es in Szaflary seit über 660 Jahren und ihre Geschichte ist eng mit der Figur der Madonna von Szaflary verbunden, einer gotischen Skulptur aus Lindenholz, die, polychrom bemalt und stellenweise vergoldet, eine Madonna mit Kind auf eine für die Regionen Zips (Spisz) und Sandez (Sącz) charakteristische Weise als „Schöne Madonna“ bildet. Die Skulptur, die in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts entstand, weist in Bezug auf Stil und Herstellungsweise viele Ähnlichkeiten mit der Sandezer Madonna auf, die in der St.-Margareta-Kirche in Neu Sandez (Nowy Sącz) aufbewahrt wird. Die Kirche in Szaflary wurde im frühen 21. Jahrhundert renoviert. Ihre Decken wurden polychrom mit biblischen und die Religiosität der Goralen darstellenden Szenen gestaltet. Chronologisch gesehen wurde also die Kirche ursprünglich um das Jahr 1340 aus Holz gebaut. Bis 1519 war sie eine selbständige Pfarrkirche und anschließend wurde sie der Pfarrkirche in Nowy Targ angeschlossen. Die gegenwärtige Kirche wurde zwischen 1799 und 1810 unter Pfarrer Szymon Zamojski dank der Arbeit der Gemeindemitglieder gebaut. 1810 erhielt sie wieder den Status einer Pfarrkirche. Konsekriert wurde sie am 3. August 1823 von Gregor Thomas Ziegler, dem Bischof von Limanowa. Die Kirche ist nach Osten orientiert und besitzt ein Schiff.

An das Schiff wurden zwei Kapellen angebaut, und zwar auf der Nordseite die der Heiligen Jungfrau Maria geweihte Kapelle aus dem Jahr 1909 und auf der Südseite die Herz-Jesu-Kapelle.