La basílica gótica fue fundada en el siglo XII, aunque ha sido varias veces reconstruida. Cuando Karol Wojtyła estudiaba teología en Cracovia a menudo participaba aquí en las misas. Se sentaba en un banco de la nave, a la izquierda de la entrada, cerca del coro. Hoy este lugar está marcado con una placa. El futuro papa rezaba a menudo en la capilla, delante de la pintura de Nuestra Señora de los Dolores, llamada también Triste Bienhechora de Cracovia. En la capilla de la Pasión, como arzobispo y cardenal, celebraba sólo el Vía Crucis. Hoy en día en la capilla se encuentra la copia del Santo Sudario de Turín, consagrada por Juan Pablo II, y el ataúd de Aniela Salawa, beatificada por Su Santidad.
En 1896, Stanisław Wyspiański trabajó en los murales en la iglesia de los Franciscanos. Sus obras son las pinturas que adornan las paredes del presbiterio, transepto, fragmento inicial de la nave principal, y la fachada occidental. Estas obras están dominadas por motivos de flores silvestres, hierbas y estrellas. Junto al altar, el artista ha realizado pinturas figurativas. En el año 1897 y 1902, Wyspiański realizó proyectos de vidrieras: "San Francisco", "Bendita Salome", "Elementos" y el más famoso y más impresionante "Dios Padre".