Pierwszy proboszcz Zakopanego ksiądz Józef Stolarczyk, w 1851 roku założył cmentarz przy kościele świętego Klemensa, na ziemi przekazanej przez Jana Pęksę. Stąd też nazwa nekropolii. W gwarze góralskiej „brzyz”, „brzyzek” lub „brzyzko” to urwisko nad potokiem. Był on miejscem pochówku mieszkańców miasta i okolic, ofiar górskich wypraw i chorych na gruźlicę. W 1889 roku pochowano na nim pierwszą osobę zasłużoną dla Zakopanego, doktora Tytusa Chałubińskiego. W 1931 roku cmentarz uznano za zabytek narodowy. Początkowo miał on większą powierzchnię, którą w czasie okupacji Niemcy budujący drogę do stacji kolejki na Gubałówkę, zmniejszyli o jedną trzecią. Po drugiej wojnie światowej cmentarz był w złym stanie. Jego renowację przeprowadzono w latach pięćdziesiątych XX wieku, poprawiono też kamienny mur cmentarny, do którego dodano płaskorzeźby, a obok cmentarnej bramy, projektu Stanisława Witkiewicza, powieszono tablicę z napisem: Ojczyzna to ziemia i groby. Narody tracąc pamięć, tracą życie. Zakopane pamięta 1848–1944. Druga jest ku czci kurierów tatrzańskich z lat 1939–1944.

Przez cmentarz prowadzi aleja, a po jej bokach znajduje się około 500 grobów, w tym 250 osób zasłużonych. Prawie wszystkie to bogato zdobione, niepowtarzalne dzieła sztuki wykonane przez okolicznych artystów, w tym kapliczkami i góralskie krzyże, z drewna, kamienia i metalu, rzeźbione w motywy podhalańskie czy malowane na szkle. Wiele wykonał Władysław Hasior oraz Antoni Rząsa, Urszula Kenar czy Michał Gąsienica Szostak. Poza tym są tu rodzinne groby góralskich rodów: Gąsieniców, Walczaków, Pęksów i innych. Najstarszą budowlą sakralną w Zakopanem jest murowana kaplica Gąsieniców z 1810 roku, obecnie świętych Augusta Świerada i Benedykta.

Na cmentarzu chowani byli posiadacze rodzinnych grobowców oraz zasłużeni dla Zakopanego, Podhala i Polski, w tym: artyści, ratownicy i przewodnicy tatrzańscy, politycy i sportowcy. Można tu znaleźć między innymi mogiły: księdza Józefa Stolarczyka, narciarzy olimpijczyków i kurierów z czasów wojny Stanisława Marusarza i Heleny Marusarzówny, doktora Andrzeja Chramca, założyciela zakładu leczniczego, wójta i zakopiańskiego społecznika)

Na cmentarzu miejsce znaleźli także: Juliusz Zborowski, przez 45 lat dyrektor Muzeum Tatrzańskiego, poeta Kazimierz Przerwa-Tetmajer, gawędziarz i muzyk Jan Krzeptowski Sabała, lekarz i współtwórca Towarzystwa Tatrzańskiego doktor Tytus Chałubiński, malarz i pisarz Stanisław Witkiewicz, przewodnik Maciej Sieczka, pisarz i krytyk Kornel Makuszyński, rzeźbiarz Antoni Kenar, rzeźbiarz Antoni Rząsa, pisarz Władysław Orkan, dyrektor Państwowej Szkoły Przemysłu Drzewnego Karol Stryjeński, lekarz Kazimierz Dłuski, rzeźbiarz Władysław Hasior, pisarka i taterniczka Zofia Radwańska-Paryska, historyk taternictwa i zdobycia Tatr Witold Paryski, poetka Beata Obertyńska, artysty kowal i muzyk Mieczysław Biernacik.

Na cmentarzu są też nagrobki symboliczne: himalaisty Macieja Berbeki, etnografa Bronisława Piłsudskiego, kompozytorów Karola Szymanowskiego i Mieczysława Karłowicza, generała Mariusza Zaruskiego, pisarza, malarza i dramaturga Stanisława Ignacego Witkiewicza Witkacego oraz olimpijczyka i taternika Bronisława Czecha.