Drewniany kościół powstał w połowie XIX wieku przy ulicy Kościeliskiej i został ufundowany przez Klementynę Homolacsową, właścicielkę dóbr zakopiańskich. Pierwotnie był on pod wezwaniem świętego Klemensa od imienia swojej fundatorki. Najstarszą częścią Starego Kościółka jest jego północna część. Została wzniesiona w 1847 roku pod kierownictwem miejscowego doświadczonego cieśli Sebastiana Gąsienicy-Sobczaka przez góralskich cieśli. W Święto Trzech Króli 6 stycznia 1848 roku odprawiona została tutaj pierwsza msza święta. W latach 1850–1851 świątynię rozbudowywano, nadając jej ostateczny kształt. Dobudowana została wówczas między innymi część południowa wraz z wieżą. W sąsiedztwie wzniesiono dzwonnicę, która dziś już nie istnieje. Obok powstały także plebania w miejscu dzisiejszej siedziby sióstr felicjanek i przedszkola oraz organistówka po przeciwnej stronie ulicy Kościeliskiej.

Świątynia wzniesiona została z modrzewiowego drewna. Charakteryzuje ją konstrukcja zrębowa. Składa się z jednej dwuczęściowej nawy oraz wielobocznie zamkniętego prezbiterium. Wnętrze kościoła jest stosunkowo niewielkie. Ołtarz główny, a także dwa ołtarze boczne powstały w drugiej połowie XIX wieku. Ich autorem jest rzeźbiarz ludowy Wojciech Kułach-Wawrzyńcok z Gliczarowa. W latach 30. XX wieku w ołtarzu głównym umieszczona została kopia obrazu Matki Bożej Częstochowskiej i została ona wówczas patronką świątyni. Zastąpiła ona portret świętego Klemensa, który powędrował na lewą ścianę prezbiterium i od tego momentu święty Klemens został drugim patronem kościoła. Wnętrze Starego Kościółka zdobią również ludowe malowidła oraz świątki, które są często dziełami góralskiej sztuki ludowej. Prawdziwym arcydziełem sztuki ludowej jest mieszczący się naprzeciwko ambony wizerunek świętego Pawła w drodze do Damaszku, który spada z konia. Namalowany on został przez anonimowego artystę. Z XIX wieku pochodzą również feretrony świętych, czyli dwustronne płaskorzeźby, a także oleodruki świętych, czyli odbitki naśladujące obraz olejny. Również ambona o stosunkowo niewielkich rozmiarach mieszcząca się na lewej ścianie kościoła jest arcydziełem rzeźbiarskiej sztuki ludowej z XIX wieku.

Kościół znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej.